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最近刚接触namd，完全不懂，反复看了官网的user guide也不怎么懂。想做一个膜蛋白的动力学模拟，很奇怪的是建好膜（这个膜最外层是糖基化的，即是LPS)以后，用vmd把蛋白和膜放在一起，用vmd合并生成pdb和psf文件，其中pdb文件里面LPS没有生成坐标，所以最后可视化图里面没有LPS这一层膜；psf文件生成时会报错no segment named LPS，不能生成psf文件。我不清楚问题在哪里，真的不懂，老师每天都在催以前用过Amber做动力学模拟，没接触过namd，求求大家指点指点 发自小木虫Android客户端 |
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【答案】应助回帖
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试试用CHARMM-GUI input generator, 里面好像有个专门针对膜蛋白体系的input 和所有你所需的脚本文件的生成。好处是不必你自己动手碰VMD ，这个webserver 会自动输出你跑NMAD之前的所有需要的输入文件，同时保留所有处理的过程文件，不过很繁杂，没有问题的话不必看那些文件。直接cd 到 charm-gui/namd/ 文件夹开始模拟就行。 应该非常方便，不过注意，你可能需要稍微改动Charmm-gui 所提供的脚本，一来需要适应你的计算平台，二来也需要注意*.conf (or *.namd)文件里面的parameter 可能需要稍微调整，比如使用# cross off some of them or add some if needed. |
2楼2020-11-02 15:12:08
