24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (4651)
>导师招生 (990)
>文献求助 (331)
>考研 (328)
>硕博家园 (283)
>招聘信息布告栏 (273)
>虫友互识 (240)
>考博 (236)
>博后之家 (219)
>生物材料 (143)
>找工作 (124)
>海外博后 (112)
>休闲灌水 (57)
>论文投稿 (46)
>基金申请 (34)
>教师之家 (30)

返回列表

【悬赏金币】回答本帖问题，作者L4Bo2将赠送您 50 个金币

L4Bo2

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 9.5
帖子: 25
在线: 34.1小时
虫号: 15221525
注册: 2019-05-29
专业: 金属材料的凝固与结晶学

[求助] packmol建模后优化结构原子坐标为0

我用packmol建了一个三元体系，后面nve/limit或npt弛豫后，第2，3种原子在write_data出的坐标文件中位置都为0，in文件这样
echo screen
units metal
boundary       p p p
atom_style    atomic

read_data    042
#mass 1 56
#mass 2 48
#mass 3 16

#pair_style    soft 2.5
#pair_coeff    * * 5.0
pair_style    eam/alloy
pair_coeff    * * FeTiO.lammps.EAM Fe Ti O

timestep       0.001
thermo  100

group a type 1
group b type 2 3

fix    1 all nve/limit 0.5
run    100000 every 1 "set group b vx 0.0 vy 0.0 vz 0.0"
unfix 1
#fix 1 all npt temp 2500 2500 0.1 iso 0.0 0.0 10.0
#run 100000 every 1 "set type 2*3 vx 0.0 vy 0.0 vz 0.0"
#unfix  1

write_data    043

回复此楼

» 猜你喜欢

1楼 2020-09-07 16:10:02

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 L4Bo2 的主题更新

返回列表

不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)

普通表情龙兔虎猫