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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何用gromacs来构建一个纯LJ体系？
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【悬赏金币】回答本帖问题，作者11B329将赠送您 500 个金币

11B329

金虫 (正式写手)

[求助] 如何用gromacs来构建一个纯LJ体系？ 已有2人参与

各位虫友好，我想用gromacs构建一个纯Lennard-Jones potential 相互作用的体系，能实现吗？详细描述一下，box里面都是单原子分子，而且分为两部分一部分是移动的一部分是固定在盒子底部的。lammps构建这个体系很容易，但我需要用到gromacs的一些特殊功能所以得把LJ体系转到gromacs里面。如果有示例，那500金币又何妨！
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往前走吧！
1楼 2020-09-05 21:49:54
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jrcs

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
私信我，我应该能帮助到您。
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2楼2020-09-07 12:13:09
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用packmol吧，可以生成pdb文件再由gromacs读入
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3楼2020-09-08 09:45:01
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