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11B329

金虫 (正式写手)

[求助] 如何用gromacs来构建一个纯LJ体系? 已有2人参与

各位虫友好,我想用gromacs构建一个纯Lennard-Jones potential 相互作用的体系,能实现吗?详细描述一下,box里面都是单原子分子,而且分为两部分一部分是移动的一部分是固定在盒子底部的。lammps构建这个体系很容易,但我需要用到gromacs的一些特殊功能所以得把LJ体系转到gromacs里面。如果有示例,那500金币又何妨!
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jrcs

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
私信我,我应该能帮助到您。
2楼2020-09-07 12:13:09
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用packmol吧,可以生成pdb文件再由gromacs读入
3楼2020-09-08 09:45:01
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