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欧阳思芊

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请问Gromacs添加两亲性肽的力场时pdb2gmx命令不识别肽链上连的小分子怎么处理?

gromacs新手,想模拟一个两亲性肽(不到10个氨基酸+脂肪酸碳链)在水中的力场。但是在pdb2gmx命令时候不能识别最后c末端的这个碳链,请问pdb文件里要怎么修改? 尝试了在residuetypes.dat 文件里添加新的残基种类,但是我这个脂肪酸种类不知道写什么。。。蛋白、dna/rna、水、离子都不是,我自己编个种类又报错。。。求各位大神指导!非常感谢!
引用回帖:
上略
hetatm   75  n   lys     8       5.549   1.930   7.356  1.00  0.00           n  
hetatm   76  n   lys     8      -1.024   5.713   4.445  1.00  0.00           n  
atom     77  o           9       7.271   0.897   8.308  1.00  0.00           o  
atom     78  c           10       3.205 -11.579  13.872  1.00  0.00           c  
atom     79  c           11       4.232 -10.472  13.600  1.00  0.00           c  
atom     80  c           12       3.619  -9.306  12.807  1.00  0.00           c  
atom     81  c           13       4.644  -8.194  12.531  1.00  0.00           c  
atom     82  c           14       4.029  -7.032  11.735  1.00  0.00           c  
atom     83  c           15       5.050  -5.918  11.453  1.00  0.00           c  
atom     84  c           16       4.428  -4.765  10.648  1.00  0.00           c  
atom     85  c           17       5.442  -3.647  10.354  1.00  0.00           c  
atom     86  c           18       4.809  -2.511   9.534  1.00  0.00           c  
atom     87  c           19       5.811  -1.386   9.222  1.00  0.00           c  
atom     88  c           20       5.161  -0.273   8.382  1.00  0.00           c  
atom     89  c           21       6.099   0.875   8.030  1.00  0.00           c  
conect    1    2    2    4   13
下略

报错信息:
------------------------------------------------------------------------------
program:     gmx pdb2gmx, version 2018.8
source file: src\gromacs\gmxpreprocess\resall.cpp (line 639)

fatal error:
residue '' not found in residue topology database

for more information and tips for troubleshooting, please check the gromacs
website at https://www.gromacs.org/documentation/errors
-------------------------------------------------------------------------------------

我知道命名那列不应该空着。。。但是我输入什么好像都不对。。。
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