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欧阳思芊

铜虫 (初入文坛)

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虫号: 2402436
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[求助] 请问Gromacs添加两亲性肽的力场时pdb2gmx命令不识别肽链上连的小分子怎么处理？

gromacs新手，想模拟一个两亲性肽（不到10个氨基酸+脂肪酸碳链）在水中的力场。但是在pdb2gmx命令时候不能识别最后c末端的这个碳链，请问pdb文件里要怎么修改？尝试了在residuetypes.dat 文件里添加新的残基种类，但是我这个脂肪酸种类不知道写什么。。。蛋白、dna/rna、水、离子都不是，我自己编个种类又报错。。。求各位大神指导！非常感谢！

引用回帖:

上略
hetatm 75  n lys    8    5.549 1.930 7.356  1.00  0.00          n
hetatm 76  n lys    8    -1.024 5.713 4.445  1.00  0.00          n
atom    77  o          9    7.271 0.897 8.308  1.00  0.00          o
atom    78  c          10    3.205 -11.579  13.872  1.00  0.00          c
atom    79  c          11    4.232 -10.472  13.600  1.00  0.00          c
atom    80  c          12    3.619  -9.306  12.807  1.00  0.00          c
atom    81  c          13    4.644  -8.194  12.531  1.00  0.00          c
atom    82  c          14    4.029  -7.032  11.735  1.00  0.00          c
atom    83  c          15    5.050  -5.918  11.453  1.00  0.00          c
atom    84  c          16    4.428  -4.765  10.648  1.00  0.00          c
atom    85  c          17    5.442  -3.647  10.354  1.00  0.00          c
atom    86  c          18    4.809  -2.511 9.534  1.00  0.00          c
atom    87  c          19    5.811  -1.386 9.222  1.00  0.00          c
atom    88  c          20    5.161  -0.273 8.382  1.00  0.00          c
atom    89  c          21    6.099 0.875 8.030  1.00  0.00          c
conect 1 2 2 4 13
下略

报错信息：
------------------------------------------------------------------------------
program: gmx pdb2gmx, version 2018.8
source file: src\gromacs\gmxpreprocess\resall.cpp (line 639)

fatal error:
residue '' not found in residue topology database

for more information and tips for troubleshooting, please check the gromacs
website at https://www.gromacs.org/documentation/errors
-------------------------------------------------------------------------------------

我知道命名那列不应该空着。。。但是我输入什么好像都不对。。。

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1楼 2020-09-04 01:25:44

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