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请问Gromacs添加两亲性肽的力场时pdb2gmx命令不识别肽链上连的小分子怎么处理?
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gromacs新手,想模拟一个两亲性肽(不到10个氨基酸+脂肪酸碳链)在水中的力场。但是在pdb2gmx命令时候不能识别最后c末端的这个碳链,请问pdb文件里要怎么修改? 尝试了在residuetypes.dat 文件里添加新的残基种类,但是我这个脂肪酸种类不知道写什么。。。蛋白、dna/rna、水、离子都不是,我自己编个种类又报错。。。求各位大神指导!非常感谢! 报错信息: ------------------------------------------------------------------------------ program: gmx pdb2gmx, version 2018.8 source file: src\gromacs\gmxpreprocess\resall.cpp (line 639) fatal error: residue '' not found in residue topology database for more information and tips for troubleshooting, please check the gromacs website at https://www.gromacs.org/documentation/errors ------------------------------------------------------------------------------------- 我知道命名那列不应该空着。。。但是我输入什么好像都不对。。。 |
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