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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 宏基因组相关问题
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moonway111

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 宏基因组相关问题

有谁在构建宏基因组时，提取过HMW基因组DNA？
最终得到的基因组是留在了琼脂糖的Plug中，还是在TE缓冲液中？
如果是存留在琼脂糖Plug中，如何电洗脱回收基因组DNA时进行酶切？
恳请各位虫友赐教，谢谢！
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1楼 2009-07-18 16:56:53
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tanlaixun

禁言 (知名作家)
★
moonway111(金币+1,VIP+0):非常感谢！ 7-19 08:47
本帖内容被屏蔽
2楼2009-07-18 18:48:27
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微笑漩涡

新虫 (著名写手)
★ ★
moonway111(金币+2,VIP+0):谢谢虫友赐教！ 7-19 15:51
引用回帖:
Originally posted by moonway111 at 2009-7-18 16:56:
有谁在构建宏基因组时，提取过HMW基因组DNA？
最终得到的基因组是留在了琼脂糖的Plug中，还是在TE缓冲液中？
如果是存留在琼脂糖Plug中，如何电洗脱回收基因组DNA时进行酶切？
恳请各位虫友赐教，谢谢！

HMW提取细菌 或者 植物组织的时候,都要预先包埋到低熔点胶里面.植物组织需要磨碎,并且需要计数细胞核的密度.

基因组留在Plug里面.

包含有DNA的Plug分成许多小块,然后取少量进行酶切条件的摸索.摸索好了后进行大量酶切.

然后跑 电泳或者脉冲场电泳,切下目的大小的DNA,将胶块装入透析袋中进行电洗脱.洗脱完毕后收集袋子里面的洗脱液,沉淀.
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3楼2009-07-19 09:25:34
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moonway111

铁杆木虫 (著名写手)
微笑漩涡您好！
取小量含有DNA的plug小块进行酶切的时候，是如何操作的？
还需要把胶溶解吗？
你所谓的摸索条件是不是摸索酶切时间呀？
不胜感激！
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4楼2009-07-19 15:54:57
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by moonway111 at 2009-7-19 15:54:
微笑漩涡您好！
取小量含有DNA的plug小块进行酶切的时候，是如何操作的？
还需要把胶溶解吗？
你所谓的摸索条件是不是摸索酶切时间呀？
不胜感激！

酶切的时候将胶块放在裂解液里面置于适当温度于恒温箱缓缓摇动.
o(∩_∩)o...这个是大马甲,不要溶解LMP胶,用少量的胶块摸索,但是胶块大小要等体积放大.
一般不是摸索酶切时间,而是设置不同的酶量,固定时间.

祝好运.
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
5楼2009-07-19 19:22:32
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moonway111

铁杆木虫 (著名写手)
brightfuture01您好！请问您所提到的裂解液是怎么配置的？
非常感谢！
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6楼2009-07-20 08:08:09
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不同的组织裂解液不一样,我只提取过环境样品总DNA,提取的是微生物的,参考的是 一篇硕士论文,新疆农业大学 张亚新 的  瘤胃微生物总DNA的提取液. 植物和动物的没有做过,你可以查几篇外文看看,国人在国外作的.要是提取微生物的话,可以下载一下那篇硕士论文.

祝好运.
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7楼2009-07-20 09:28:07
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gaoyuan1398
8楼2009-07-20 12:41:05
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moonway111

铁杆木虫 (著名写手)
非常感谢bightfuture01的鼎力帮助！
你的帖子对我很有用，我也是计划提取细菌基因组的。
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9楼2009-07-20 14:27:04
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