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使用MolAICal基于NAMD模拟结果计算小分子和蛋白MM/GBSA的教程 已有1人参与
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使用MolAICal基于NAMD模拟结果计算小分子和蛋白MM/GBSA的教程 更多教程（含英文教程）请见如下： MolAICal官方主页：https://molaical.github.io MolAICal 文章介绍：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 简介 在本教程中介绍了基于NAMD的分子动力学模拟结果，使用MolAICal计算小分子和Mpro蛋白受体MM/GBSA的方法。本教程只是一个简单演示。为了节省运行及存储空间，本教程仅选择了Mpro复合物分子动力学模拟的25帧用于计算。 2.工具 2.1. 所需软件下载地址 1) MolAICal : https://molaical.github.io 2) NAMD: https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ 2.2. 操作示例文件 所有用到的操作教程文件均可在下面的网站下载： https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/004-MMGBSA 3. 操作流程 转到以下目录： #> cd 004-MMGBSA 3.1. 提取蛋白与配体复合物的轨迹文件 -args: 其用法类似VMD软件中的“atomselect”命令，比如"atomselect top protein or resname LIG"，此处逗号"," 代表空格。其中脚本文件stripDCD.vmd可以在本教程材料或MolAICal软件的“scripts”目录里面找到。 执行上述命令后生成complex.psf, complex.pdb 和 complex.dcd文件。将“GBIS” 和“sasa”参数设置为on。打开并按照下文内容修改“complex.conf”文件： -------------------------------------------------------------------------- structure complex.psf coordinates complex.pdb outputName complex paraTypeCharmm on parameters par_all36_prot.prm parameters par_all36_cgenff.prm parameters ligand.str parameters toppar_water_ions.str coorfile open dcd complex.dcd -------------------------------------------------------------------------- 本教程中命令在CPU上运行。你可以选择GPU进行运算。在Linux系统下运行NAMD命令，如下： 其中符号“&”代表程序在Linux系统中进行后台运行，如果你使用的是Windows操作系统，请不要用“&”，例如，命令换成这样： 3.2. 仅提取蛋白的轨迹文件： 上述命令会生成 protein.psf, protein.pdb和protein.dcd。打开“protein.conf”，参考 “complex.conf”修改相关参数。 本教程中命令在CPU上运行。你可以选择GPU进行运算。在Linux系统下运行NAMD命令，如下： 3.3. 仅提取配体的轨迹文件： 上述命令会生成 ligand.psf, ligand.pdb和ligand.dcd。打开“ligand.conf”，参考 “complex.conf”修改相关参数。 本教程中命令在CPU上运行。你可以选择GPU进行运算。在Linux系统下运行NAMD命令，如下： 4. 用MolAICal计算MM/GBSA 输出结果中给出下文所示的结合自由能△G： -------------------------------------------------------------------------- delta E(internal): -4.0000007572871255E-6 delta E(electrostatic) + deltaG(sol): 7.702936000001536 delta E(VDW) + deltaG(sol): -44.43611599999989 delta G binding: -36.73318399999911 -------------------------------------------------------------------------- |
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