24小时热门版块排行榜    

查看: 844  |  回复: 2
【悬赏金币】回答本帖问题,作者贾立羽将赠送您 15 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

贾立羽

新虫 (初入文坛)

[求助] 做进化树前用BLAST下载序列的问题 已有1人参与

我用BLAST找到了相关序列以后打算下载然后做进化树,但是要下载这个蛋白的全部序列还是下载对比之后的aligned序列啊?如果下载aligned序列就会删掉一部分,但是下载全序列又有很多冗余的序列出现,所以到底用哪个做树才好一直不是很明白,有没有高人给讲解一下?生信小白,非常感谢!

做进化树前用BLAST下载序列的问题
如图
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贾立羽

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 澄江 at 2020-07-30 10:58:38
我觉得比对好后的吧,你即使下全序列,构建进化树之前还需要比对,才能构建。最好两种都试下,看看有没有差别

如果不用全序列的话会去掉一大段的多余序列呀,我现在做的蛋白有的物种里长800aa有的长500aa,一下载aligned以后就会去掉两百多的长度,这个有什么影响吗
3楼2020-07-31 09:10:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

澄江

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我觉得比对好后的吧,你即使下全序列,构建进化树之前还需要比对,才能构建。最好两种都试下,看看有没有差别
2楼2020-07-30 10:58:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
信息提示
请填处理意见