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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 做进化树前用BLAST下载序列的问题
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贾立羽

新虫 (初入文坛)

[求助] 做进化树前用BLAST下载序列的问题 已有1人参与

我用BLAST找到了相关序列以后打算下载然后做进化树，但是要下载这个蛋白的全部序列还是下载对比之后的aligned序列啊？如果下载aligned序列就会删掉一部分，但是下载全序列又有很多冗余的序列出现，所以到底用哪个做树才好一直不是很明白，有没有高人给讲解一下？生信小白，非常感谢！

做进化树前用BLAST下载序列的问题
如图
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1楼 2020-07-29 20:26:41
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澄江

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我觉得比对好后的吧，你即使下全序列，构建进化树之前还需要比对，才能构建。最好两种都试下，看看有没有差别
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2楼2020-07-30 10:58:38
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贾立羽

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 澄江 at 2020-07-30 10:58:38
我觉得比对好后的吧，你即使下全序列，构建进化树之前还需要比对，才能构建。最好两种都试下，看看有没有差别

如果不用全序列的话会去掉一大段的多余序列呀，我现在做的蛋白有的物种里长800aa有的长500aa，一下载aligned以后就会去掉两百多的长度，这个有什么影响吗
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3楼2020-07-31 09:10:09
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