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sumwindy

金虫 (正式写手)

[交流] 求助2个A级错误

1.


PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O6     ..  N1B     ..       2.52 Ang.

2.

PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .     285.00 A**3


我知道是什么意思,但是该如何解决呢?
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

★ ★
waiy2001(金币+2,VIP+0):多谢交流 7-16 12:34
1. O6要加氢.
2. 还有写溶剂分子没找到. 即使峰比较低了( 1.0), 也要试着加加看. 加不好, 就试squeez.
xi2004-emuch@163.com
2楼2009-07-16 10:12:57
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sumwindy

金虫 (正式写手)

O6原子的热振动太大,目前是按照1/6处理的,这样怎么加氢啊?


squeeze,听说过,但是不会操作啊,能不能提供一点操作的参考资料(视频,pdf,ppt,word)

Thank you very much!!
3楼2009-07-16 10:21:39
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staphlee

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
sumwindy(金币+5,VIP+0):多谢 7-16 10:36
引用回帖:
Originally posted by sumwindy at 2009-7-16 10:21:
O6原子的热振动太大,目前是按照1/6处理的,这样怎么加氢啊?


squeeze,听说过,但是不会操作啊,能不能提供一点操作的参考资料(视频,pdf,ppt,word)

Thank you very much!!

给你一个耶鲁大学的教学
http://www.csb.yale.edu/userguid ... /html/pl000303.html
看看吧
有关squeeze的用法...
4楼2009-07-16 10:24:42
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staphlee

金虫 (正式写手)

Implementation and Use:
?纳厦娼o你的網站擷取的
SQUEEZE has been implemented as the 'SQUEEZE option' in the program PLATON.

PLATON/SQUEEZE should be compatible with small-moiety structure refinement usage of the program SHELXL-97.

The program is used as a filter. Input files are

- shelxl.hkl - (HKLF type 4) - shelxl.res - (complete set of refined model parameters, including hydrogen atoms but excluding any dummy atoms used to describe the disorder region)

invoke the program with:

platon shelxl.res

give on the prompt >> (or click on the menu) the instruction:

CALC SQUEEZE
5楼2009-07-16 10:26:44
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

那N1B也是无序吗?
xi2004-emuch@163.com
6楼2009-07-16 10:28:07
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sumwindy

金虫 (正式写手)

N1B也是, 占有率只有1/3.
7楼2009-07-16 10:31:04
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