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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » ms—pdb—vmd原子数变少了
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1040720479

新虫 (小有名气)

[求助] ms—pdb—vmd原子数变少了 已有1人参与

为啥我导出pdb之后就剩下几个原子了

ms—pdb—vmd原子数变少了


ms—pdb—vmd原子数变少了-1


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1楼 2020-07-28 19:40:34
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
下图是MS中的，因为MS显示的是周期边界条件的模型，在周期性晶胞面上的原子实际上只是1/2个
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1040720479
2楼2020-07-29 16:13:48
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1040720479

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2020-07-29 16:13:48
下图是MS中的，因为MS显示的是周期边界条件的模型，在周期性晶胞面上的原子实际上只是1/2个

非常感谢，那我导出来的pdb文件还具备周期性嘛，可以作为初始模型不；另外，像这样的离子晶体，用vmd打开后是没有离子键的，在后面使用中，离子键该如何考虑呀
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3楼2020-08-18 17:24:36
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