应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » ms—pdb—vmd原子数变少了
31/1返回列表
查看: 1299  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者1040720479将赠送您 5 个金币

1040720479

新虫 (小有名气)

[求助] ms—pdb—vmd原子数变少了 已有1人参与

为啥我导出pdb之后就剩下几个原子了

ms—pdb—vmd原子数变少了


ms—pdb—vmd原子数变少了-1


发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2020-07-28 19:40:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
下图是MS中的，因为MS显示的是周期边界条件的模型，在周期性晶胞面上的原子实际上只是1/2个
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

1040720479
2楼2020-07-29 16:13:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1040720479

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2020-07-29 16:13:48
下图是MS中的，因为MS显示的是周期边界条件的模型，在周期性晶胞面上的原子实际上只是1/2个

非常感谢，那我导出来的pdb文件还具备周期性嘛，可以作为初始模型不；另外，像这样的离子晶体，用vmd打开后是没有离子键的，在后面使用中，离子键该如何考虑呀
赞一下 回复此楼
3楼2020-08-18 17:24:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 1040720479 的主题更新
31/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 264求调剂 +3 26调剂 2026-03-03 3/150 2026-03-03 14:30 by 笨蛋不讲反话
[考研] 291求调剂 +3 MuoLuo1312 2026-03-02 6/300 2026-03-03 12:13 by 热情沙漠
[考研] 材料工程专硕283求调剂 5+8 ，！？ 2026-03-02 10/500 2026-03-03 12:01 by EBSD
[考研] 材料类考研调剂 +6 gemmgemm 2026-03-01 7/350 2026-03-03 11:16 by EBSD
[考研] 课题组接收材料类调剂研究生 +6 gaoxiaoniuma 2026-02-28 9/450 2026-03-03 09:27 by gaoxiaoniuma
[论文投稿] 通讯作者写谁，问题是你意想不到的问题 15+3 阿尔法啊 2026-03-01 3/150 2026-03-03 09:13 by 北京莱茵润色
[考研] 271求调剂 +4 Ricardo1113 2026-03-02 4/200 2026-03-03 08:00 by 无际的草原
[考研] 268求调剂 +9 简单点0 2026-03-02 13/650 2026-03-03 07:55 by njzyff
[考研] 调剂材料学硕 +4 词凝Y 2026-03-02 4/200 2026-03-03 07:53 by njzyff
[考研] 289求调剂 +8 yang婷 2026-03-02 9/450 2026-03-02 19:08 by zhukairuo
[考研] 303求调剂 +5 今夏不夏 2026-03-01 5/250 2026-03-02 15:01 by 向上的胖东
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +6 礼堂丁真258 2026-02-28 9/450 2026-03-02 12:04 by 52hz~~
[基金申请] 此成果不能导入原因：元数据必填信息不完整，可 进行补充。 +4 Kittylucky 2026-03-02 5/250 2026-03-02 11:07 by jurkat.1640
[考研] 化工专硕342，一志愿大连理工大学，求调剂 +6 kyf化工 2026-02-28 7/350 2026-03-02 10:56 by 无际的草原
[考研] 材料调剂 +6 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 7/350 2026-03-02 10:42 by Jy?
[考研] 274求调剂 +3 cgyzqwn 2026-03-01 7/350 2026-03-02 10:38 by lature00
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +5 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:47 by 无际的草原
[考研] 291分工科求调剂 +9 science饿饿 2026-03-01 10/500 2026-03-01 18:55 by 18137688336
[考研] 290求调剂 +9 材料专硕调剂； 2026-02-28 11/550 2026-03-01 17:21 by sunny81
[考研] 寻找调剂 +4 LYidhsjabdj 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:56 by sunny81
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭