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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact O5 ..O5 2.29 Ang.
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923698418

新虫 (初入文坛)

[求助] PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact O5 ..O5 2.29 Ang. 已有1人参与

PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O5       ..O5       .       2.29 Ang.  
                                                1/2-x,y,2-z  =      3_557 Check
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O5       ..O6       .       2.32 Ang.  
                                                1/2-x,y,2-z  =      3_557 Check
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O6       ..O6       .       2.41 Ang.  
                                                1/2-x,y,2-z  =      3_557 Check

遇到A类错误，DFIX 2.80 0.01 O5 O5  这个命令XL之后，进行check。发现并没有解决问题....

求教！！！
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1楼 2020-07-26 16:23:08
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卡布奇诺7

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
每个警告第二行有这个对称码（1/2-x,y,2-z），表明了其中一个原子如O5是最小不对称单元中的，另外一个原子则是对称出来的，你输这个指令DFIX 2.80 0.01 O5 O5，自然是没有效果，应该加上对称操作$1_1/2-x,y,2-z，然后DFIX 2.80 0.01 O5 O5_$1，若是Olex2解析的话，可以直接找到这两个原子，选中加指令DFIX 2.80 0.01精修即可；另外还可以检查O5与O6是否需要加氢，之间是否有氢键存在。
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取次花丛懒回顾，半缘修道半缘君。
2楼2020-07-26 22:49:46
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香辣糖醋肉

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡布奇诺7 at 2020-07-26 22:49:46
每个警告第二行有这个对称码（1/2-x,y,2-z），表明了其中一个原子如O5是最小不对称单元中的，另外一个原子则是对称出来的，你输这个指令DFIX 2.80 0.01 O5 O5，自然是没有效果，应该加上对称操作$1_1/2-x,y,2-z，然 ...

你好，我想请教一下PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact O4 ..O6 . 2.83 Ang.
                                                                                      1-x,2-y,1-z = 3_676 Check
对称码是这个的问题怎么解决呢？然后O4和O6都与金属配位
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3楼2020-10-18 20:27:00
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香辣糖醋肉

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡布奇诺7 at 2020-07-26 22:49:46
每个警告第二行有这个对称码（1/2-x,y,2-z），表明了其中一个原子如O5是最小不对称单元中的，另外一个原子则是对称出来的，你输这个指令DFIX 2.80 0.01 O5 O5，自然是没有效果，应该加上对称操作$1_1/2-x,y,2-z，然 ...

您好，我想请教这几个B类错误，望解答，谢谢
PLAT342_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C Bonds ............... 0.05444 Ang.
PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D H15B ..H18B . 1.88 Ang.
                                                                -x,2-y,1-z = 2_576 Check
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O17 --H17A . Please Check
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O17 --H17B . Please Check
赞一下 回复此楼
4楼2020-10-18 20:48:05
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