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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 利用MEGA建立发育树，有几株目标菌株在树里总是没有相似序列
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Herrix

新虫 (初入文坛)

[求助] 利用MEGA建立发育树，有几株目标菌株在树里总是没有相似序列 已有2人参与

目标菌株N3 N12 N13 N14这几个总是游离在外，不管如何增删序列，求助如何解决这个问题

利用MEGA建立发育树，有几株目标菌株在树里总是没有相似序列


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1楼 2020-07-15 10:56:32
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Zzz睡觉

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你可以检查下用的序列，是否“反向互补了”。我之前做分类的时候，就是因为公司返给我的测序数据是反向互补的，建树就一直游离在外面。如果没有反向互补，建议到NCBI上进行blast，确定是哪个属，以防材料被污染。
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3楼2020-07-17 14:43:09
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给你的温柔

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我认为你建树的挑的序列有问题。如果你这些菌株不是同一种菌，应该分别建树，每一棵树，用的都是同一种菌的序列。在一棵树上把多种菌都列出来，我是没见过。你在知网上搜一下“16S 分离鉴定”，基本上出来的文章里都有建树，自己分析以下每一个研究者建树所选择的序列。如有误，请大家批评指正。
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fighting!
2楼2020-07-16 19:40:07
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Herrix

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Zzz睡觉 at 2020-07-17 14:43:09
你可以检查下用的序列，是否“反向互补了”。我之前做分类的时候，就是因为公司返给我的测序数据是反向互补的，建树就一直游离在外面。如果没有反向互补，建议到NCBI上进行blast，确定是哪个属，以防材料被污染。

就是反向互补的问题！替换成互补序列之后就可以了

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4楼2020-07-18 10:40:21
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Herrix

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 给你的温柔 at 2020-07-16 19:40:07
我认为你建树的挑的序列有问题。如果你这些菌株不是同一种菌，应该分别建树，每一棵树，用的都是同一种菌的序列。在一棵树上把多种菌都列出来，我是没见过。你在知网上搜一下“16S 分离鉴定”，基本上出来的文章里都 ...

感谢指导！

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5楼2020-07-18 10:43:00
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