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好好学习HQ

新虫 (正式写手)

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专业: 合成药物化学

[求助] Amber动力学模拟，含有配体-蛋白复合物作为受体的动力学载入及识别问题。已有1人参与

请教各位Amber大神，小弟在做动力学的时候遇到了一个问题，现在把问题拿出来，恳请各位大神给予指导，感激不尽。

问题：由于我的蛋白结合腔较大，，我自己合成的小分子结构较小，分子对接后，我的小分子在空腔的某一处。如果做动力学，那么我的小分子在较大结合腔里变化，最后会导致最终的小分子构象变化较大，因此，我考虑保留原始蛋白中含有的配体，让该原始配体占据结合腔中一些空间，使得我合成的小分子在动力学的时候能够被约束在较小的空间中进行变化。在载入蛋白(包含蛋白和原始配体的复合物)的时候，出现下面的问题，请各位大神给予指导，感激不尽。如果能够连线帮我解决该问题，可以给予一定的红包表示感谢。

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