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天天ttgg

新虫 (初入文坛)

[求助] lamp引物序列本身的特异性怎么分析 已有1人参与

怎么在NCBI或者其他软件上分析LAMP引物序列本身的特异性？

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1楼 2020-07-03 11:24:51
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
可以Bowtie比对一下
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3楼2020-08-12 17:25:35
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匿名

本帖仅楼主可见
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2楼2020-08-10 22:49:49
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科研上岸马

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-08-12 17:25:35
可以Bowtie比对一下

bowtie可以针对FIP/BIP进行直接分析吗？FIP/BIP的设计不是通过2段接到一起的吗？还是说需要分开进行单独分析？
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4楼2020-12-02 17:43:45
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科研上岸马

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我对于FIP/BIP是采用就是设计的时候接起来的方法把它单独分开来，通过NCBI的Primer Blast的里面进行一个nr的blast，然后看引物的单独的特异性好不好。因为LAMP是2对引物共同作用，如果引物只要有一个存在问题，那么扩增就会存在很大问题，所以说从引物的作用角度来分析我觉得好像特异性蛮高。但是容易出现假阳性扩增，这点是不是又可以说引物本身特异性不好？

还希望有大佬看到给我个回复，小弟才初入LAMP，很多东西还不是很懂~~
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5楼2020-12-02 17:46:48
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