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PCR后电泳条带亮暗差异明显
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大家好， 想请教个问题，我根据某个物种的重测序结果，想筛选引物，以筛选某个性状。比如，两个果实甜涩的性状，目前筛到了某个引物，在甜味果实中应该有这段序列，在涩味果实中，该序列理论上应该是没有的。。 现在出现的问题是，我用这个引物PCR后，跑琼脂糖电泳发现，甜味果实DNA的PCR条带很亮，而涩味果实DNA的PCR条带也是有的，但是很暗很暗，两个条带的亮暗差异很明显。我做了多个重复，即提了多个DNA，结果都是甜味果实PCR条带很亮，涩味果实PCR条带特别暗。 问题如下， 1， 我提的DNA浓度什么的基本是差不多的，可是为什么一个条带很暗一个条带很亮呢。。 2， 理论上应该一个条带有，另一个没有条带。目前发现一个条带很暗一个条带很亮。既然都有条带，那这是不是说明，这个引物效果不好，不能用于筛选这个甜涩性状？ 3，如果DNA浓度差不多，但是电泳条带一个亮，一个暗，可以不可以说，亮条带的那个果实的该基因表达量高，暗条带的那个果实的该基因表达量低？ |
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3楼2020-06-29 09:39:23
zxd95
至尊木虫 (著名写手)
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有没有空白对照，就是不加基因组的，看看暗的条带是不是背景值。条带亮，可能意味着拷贝数多，暗为基因拷贝数低。由于有假基因存在的可能性。可以把条带扩增这一段对照基因组，来找甜和涩的差异。 发自小木虫Android客户端 |
2楼2020-06-29 03:23:11
owl2010
金虫 (正式写手)
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4楼2020-07-01 14:18:18
