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qiushui12

木虫 (著名写手)

[求助] 结构解析中有三个B类错误,求大家帮忙分析一下怎么精修,回稿编辑已有1人参与

_diffrn_measured_fraction_theta_full Low ....... 0.950 Note
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O14 -- H2’ ... Please Check
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact O2 .. O8 .. 2.66 Ang.


其中O14是水分子通过指认Q峰加氢,O2是配位羧基氧, O8是半个无序硝酸根,已经采用了OMIT -3 50精修
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卡布奇诺7

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
qiushui12: 金币+30, 有帮助 2020-06-23 12:54:37
第一个是数据的完整度不够,这个数值一般要大约0.97,重新还原截断分辨率试一下,不然只能重新收数据了;O14如果是孔道中孤立的水分子,那么周围应该还有水分子或其他类型的氢键受体,需要指认,或者调整这个H2的方向,与已有受体相连,或者直接把这个水分子squeeze掉;O2上面可能是质子化的,有氢原子与O8形成氢键,或者将两者的距离限制的远一些。
取次花丛懒回顾,半缘修道半缘君。
2楼2020-06-23 12:50:53
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