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如何在全基因组中比对得到目的基因？
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我有一株菌，想问下通过NCBI如何找到全基因组中所包含的某一酶的所有序列呢？该酶属于多基因家族簇，怎么能找到它的多段序列呢？ @youlinglyw 发自小木虫Android客户端 |
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nanhu1984
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如果你对我基因组已提交ncbi，并且已经公布，可以以酶基因序列为query，进行blast。如果没有，建议提交rast系统，里面有blast分析选项，用酶基因序列进行blast分析即可。或者进行本地blast即可 发自小木虫IOS客户端 |
2楼2020-06-23 18:02:50
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您好，谢谢您！ 目前是这么个情况。我的那株菌跟另一株相似性很高，几乎是同种，他们克隆了其中10个A酶的基因，还做了基因组和转录组的分析，但没有公布全基因组。我用真菌通用引物扩的18s与其中A的一段相似。B酶呢有分析到，但还没有相关研究。我试图通过该B酶的基因家族找近缘的aa保守序列来p，但找的近缘相似并不高，保守序列不行。是我找的方法不对还是什么问题，我现在就不知道该怎么继续做下去了 发自小木虫Android客户端 |
3楼2020-07-27 19:44:03
