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Anthony07

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助/交流】假单胞菌RED重组系统最后检验PCR没有条带

本人用RED重组系统敲除来敲除假单胞菌的某一基因,之前一直都能P出置换过的抗性条带,自从疫情后,再次验证完全P不出条带了。我重新开始制备,我的具体步骤是用pcm130扩增出的抗四环素基因(上下游添加20bp的同源臂,之前是35bp,但是Tm值太大,缩减成20bp,之前也成功扩出来了。),然后电转化到带有Pkd46的假单胞菌感受态(制备感受态前大摇用了L-阿拉伯糖诱导过,制备感受态用的是10%的甘油多次离心,全程4度制备),10ul的目的片段+100ul的感受态混匀冰浴30min后电转,然后在加有氨苄和四环素的抗性LB平板上涂布(也加了L-阿拉伯糖)然后 隔夜培养也长出了密密麻麻的单菌落,然后扩大培养也能摇起来,然后做菌液PCR扩增四环素抗性条带(也提过基因组DNA去P,cDNA也试过),试过多次,只有引物二聚体,很懵逼,不知道哪里出错了。有木有大神给点建议,该如何整。都能在双抗性的平板上长出单菌落,却没办法P出条带,然后拿这个菌也扩增不出16s,有考虑过是不是真菌污染,扩增过18s,没条带,确认没有污染。请求大神帮忙,感激不尽!
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slcat

新虫 (著名写手)

按理说不应该扩增不出16 S,有没有考虑过是PCR的问题?找个实验室的其他人帮你做一遍,PCR的材料都用他自己的

发自小木虫Android客户端
2楼2020-06-08 22:31:34
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Anthony07

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by slcat at 2020-06-08 22:31:34
按理说不应该扩增不出16 S,有没有考虑过是PCR的问题?找个实验室的其他人帮你做一遍,PCR的材料都用他自己的

嗯。。也怀疑过是自己运气问题。让别人帮忙整了,酶也换过新的,引物也找公司重新合成了,电泳液也配过了。。。梯度PCR都跑过了,都跑不出16s(有一次有隐隐约约的亮带,极为不清楚,然后就没了),这就懵逼了。。。。
3楼2020-06-08 22:35:08
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biosci

捐助贵宾 (职业作家)


假单胞菌可以考虑cas系统,大肠的red系统不适合假单胞

发自小木虫Android客户端
4楼2020-06-08 23:50:40
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