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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】Molecular electrostatic potential (MEP) maps 分子静电势怎样计算？
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loovfnd

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】Molecular electrostatic potential (MEP) maps 分子静电势怎样计算？ 已有5人参与

J. AM. CHEM. SOC. 2006, 128, 1402-1403。
如下图所示：

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-14 at 13:41 ]
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莫强求！
1楼 2009-07-10 11:13:47
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+8,VIP+0):谢谢 7-10 16:37
loovfnd(金币+5,VIP+0):那计算命令呢？输入行要怎么写呢。 7-10 22:11
你可能是问如何作这样的静电势图吧？
我没有作过这样的图。如果要我作这样的图，我会这样去作：

1、        Windows版cubegen的提示信息与回答：
进行g03对图示分子进行计算，得到.chk文件，改写成.fch文件
运行cubegen，
Property [Density]? Potential
……
这样就得到图示分子的分子静电势空间格点文件name.cube

2、        运行gsgrid程序，选择图示分子有静电势等值线图的那个截面：如果图面是xy，即选其为截面，z则选生成该静电势等值线图的那些原子的，它们都在一个平面，只有一个z值，且这个截面之外的原子都不会截取到，没有值。形成gsgrid.txt文件，即时改为自己需要的名字name.txt

3、        进入sigmaplot中作图。
图板的左边小方框图标展示了作图的十多种类型选项，选“Contour Plot”， 出现两个选择：“Contour”，即线条式等值线； “Filled Contour ”， 即色彩填充式等值线。选择：“Contour”，经过几步选择后即形成一个等值线表示的静电势等值线图。进一步选择等值线线型的表达形式，可以找到上面分子图的等值线的色带样式。得色彩等值线图。（这个图看似Filled Contour 的色彩填充式等值线，实应是等值线的彩色线型。）

4、        就在得到的图上面另行拷入一幅分子骨架图，调整好比例，覆盖在上面，二图叠加，并令这上面图层为“透明”，以便能看见下面的等值线图。拖动这骨架图，使之如上面分子图的位置。
这时会又调出等值线图，选择等值线的值，使之符合给定的范畴，这点还要推敲、实践，或者需要剪裁使之适合范畴，上面这个图有明显的剪裁痕迹。因为作者只想看这一圈原子对内的清晰静电势，这也不为过。图即完成了，输出作为插图即可。

当然，我这还是纸上谈兵。关键是这样的图，是作了一个静电势截面等值线图，镶在分子骨架之中。

[ Last edited by zhou2009 on 2009-7-10 at 19:22 ]
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小范范1989
3楼2009-07-10 15:55:26
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zhaoj614

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 8-11 09:50
内容已删除
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10楼2009-08-11 09:17:27
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普通回帖

CKX

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-10 16:36
loovfnd(金币+5,VIP+0):谢谢你的热心帮助。 7-10 22:11
可以参阅《化学学报》 1992年05期 加入收藏 获取最新 静电势方法研究分子间的电子转移 Ⅰ.理论背景与方法曹轩  廖沐真  顾宪章  李林蜂  吴国是  
【摘要】：光电转换过程中起主导作用的分子间电子转移可视为电子在分子间势垒穿透的过程。我们在从头算SCF-MO波函数基础上将静电势方法用于确定分子间的势垒,并由此出发从理论上得到了各种动力学参数如电子穿透几率和弛豫时间等。文中给出了详细的数学公式和理论模型。
【作者单位】： 清华大学化学系 清华大学化学系 清华大学化学系 清华大学化学系 清华大学化学系
【关键词】： 分子静电势 分子间电子转移 势垒高度 弛豫时间 电子给体 穿透几率 电子穿透 波函数 光电转换 电荷分离
【基金】：863基金资助的课题
【DOI】：CNKI:SUN:HXXB.0.1992-05-004
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2楼2009-07-10 14:48:39
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 7-11 10:13
loovfnd(金币+6,VIP+0):太感谢了！ 7-11 12:37
用G03作单点能计算，此时不需要用作CUBE的命令，用%chk=jobname得到CHK文件即成。再调用cubegen命令作分子的静电势空间格点文件。

用G03作单点能计算，也可用关键字cube=(potential,cards)，自己输入格点数、起始点、格点间隔。即得分子的静电势空间格点文件。

用cubegen命令

1、在计算中，用%chk=jobname----------将计算存为：jobname.chk；默认存于：scratch子文件夹。

2、调用Formchk 将二进制的checkpoint 文件(chk)转换成ASCII 码形式(fchk)；得到jobname.fch

3、调用cubegen。

    在一个三维网格（立方）点上求解：Orbitals分子轨道（ MO=n），potential静电势，Density电子密度，Gradient密度梯度，NormGradient密度梯度的范数和Laplacian电子密度的拉普拉斯算符(∇2ρ)。
默认计算电子密度（对应选项Density）。使用的密度由Density 关键字控制；若使用Density=Current 求解来自相关的或CI-Singles 波函的立方区域内电子密度，而不是默认的Hartree-Fock 密度。

Windows版cubegen的提示信息与回答：

Property [Density]? MO=n ----------指定要选取的MO数。一旦回答了MO=n，就不是作Density而是作Orbitals。分子轨道数n、关键字Homo，Lumo，All，OccA（全部是alpha占据），OccB（全部是beta 占据），Valence（所有价轨道） 和  Virtuals（所有虚轨道）也可以用来代替特定的轨道数。n 值没有默认值，省略的话会造成错误。

Formatted Checkpoint file? jobname ----------输入的fchk文件的名字，写路径，但不写后缀，  后缀默认为.fch。

Cube file [ ]? Jobname             ----------输出的cube文件的名字，写路径，但不写后缀，  后缀默认为.cube。

Approximate points per side [0]? 回车 ------点阵每边的点数。回车取0为默认的80×80×80。

Header in cube file [H]?  回车     ---------输出档案的格式：H表示包含标题（这是预设选择）； GsGrid要求H。回答n，表示不要包含标题。若要产生无格式方块文件，这选项会被忽略。

如果是：
Property [Density]? Potential
得到的即是分子的静电势空间格点文件。
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4楼2009-07-11 10:02:54
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ZDBWHZ

金虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-11 19:42
在优化的时候保存chk文件。
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5楼2009-07-11 19:38:10
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ustc

金虫 (著名写手)
解释得很详细!
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6楼2009-07-12 20:35:02
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
loovfnd(金币+4,VIP+0):都是好方法，谢谢。 7-16 14:25
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-16 15:27
zhou2009大侠的跟帖挺好，呵呵，但是稍微有些麻烦
生成cube文件的方法，其实可以用一个命令就能达到目的。
zhou2009大侠生成MO和电子密度用了多步输入，其实，实现cubegen的功能，只需要如下1个命令
cubegen 0 MO=n jobname.fchk Jobname.cube 0 h
其他cube文件，可以如下生成
cubegen 0 MO=n jobname.fchk Jobname.cube 0 h(计算某个分子轨道)
cubegen 0 density jobname.fchk Jobname.cube 0 h(计算电子密度)
cubegen 0 potential jobname.fchk jobname.cube 0 h(计算静电势)
等等各种cube文件
……
这些命令均可在Linux界面下直接敲，也可以在dos界面下直接敲

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-7-16 at 14:14 ]
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7楼2009-07-16 14:13:20
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 7-17 09:30
谢谢！yjcmwgk

我上面的跟帖，是从手册学习cube和实际操作做的笔记，对各参数作了说明，照贴出来了。真正运行时自然是你推荐的方便、简明。
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8楼2009-07-17 09:00:08
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-18 19:26
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2009-7-17 09:00:
谢谢！yjcmwgk

我上面的跟帖，是从手册学习cube和实际操作做的笔记，对各参数作了说明，照贴出来了。真正运行时自然是你推荐的方便、简明。

zhou2009的方法其实对楼主更好。呵呵。
我这样一次写一长串命令，输入快，但是不利于学习
zhou2009大侠，本着诲人不倦的精神，依次列出各个选项的意义，极耐心，比我强多了
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9楼2009-07-18 16:19:25
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