【求助】Molecular electrostatic potential (MEP) maps 分子静电势怎样计算？ - 量子化学 - Gaussian

11楼2009-08-14 07:00:27

feixiangya

银虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 176.3
红花: 2
帖子: 137
在线: 33.3小时
虫号: 712018
注册: 2009-03-01
性别: GG
专业: 生物化学

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

听不懂

想学，哪位大侠能够我推荐一本关于Molecular electrostatic potential (MEP) maps 分子静电势的最基础的书啊？谢谢

12楼2009-08-14 11:13:55

zhou2009

版主 (著名写手)

QC强帖: 15
应助: 337 (大学生)
贵宾: 4.053
金币: 42652.6
红花: 153
帖子: 1729
在线: 1274.7小时
虫号: 676800
注册: 2008-12-18
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 量子化学

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
loovfnd(金币+5,VIP+0):感谢你认真的回帖！ 8-15 11:39

本论坛的一个贴子可读：
分子的静电势的物理意义与图形表达http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1091031&fpage=1

最关键的是静电势的定义：空间某点的静电势是指从无穷远处移动单位正电荷至该点时所需做的功。

G03可以方便地计算一个分子、化学实体指定空间各个格点的静电势的值，这上面的帖子已经介绍了。

我们一方面可以直接用这静电势来分析问题，另一方面可以将静电势与分子的电荷分布的性质联系起来考虑。
一个空间各个格点的静电势的值，它是全分子的，但我们可以选择不同的截面来观察静电势的值的分布，以及它所反映出来的电荷性质。
比如一个水的静电势图表明：O原子周围的静电势为负值，它是O原子pi（孤对电子），即正电荷与其有较强的相互作用，容易与之靠近；相反，电子则容易与静电势等值线正值高且密集处的H靠拢。但是在水分子中由于相应的轨道是正交的，只能在水分子之间才会产生氢键。

我们如果选择水分子平面作为截面，它就把H-O的静电势的值高且密集表现出来了。如果选择垂直水分子平面且均分水的夹角作为截面，就将O原子pi（孤对电子）充分展示了，见附图。
水的pi处的静电势为负值，蓬松发散，具有强亲核性。而水的H-O键处静电势为密集的正值，具有强亲电性。这就为氢键的形成提供了动力。
当然能否形成氢键，还要分析双方HOMO与LUMO的对称性是否允许。

赞一下(11人)

13楼2009-08-15 09:54:32

mengxianggao

木虫 (正式写手)

新手

应助: 3 (幼儿园)
金币: 1952.3
帖子: 460
在线: 26.4小时
虫号: 460753
注册: 2007-11-17
性别: GG
专业: 配位化学

学习一下。

新手学习

14楼2009-09-01 08:03:47

ZJboy

木虫 (著名写手)

应助: 34 (小学生)
金币: 5707.3
散金: 92
红花: 8
帖子: 1315
在线: 332.8小时
虫号: 430962
注册: 2007-08-11
性别: GG
专业: 配位化学

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

引用回帖:

Originally posted by yjcmwgk at 2009-7-16 14:13:
zhou2009大侠的跟帖挺好，呵呵，但是稍微有些麻烦
生成cube文件的方法，其实可以用一个命令就能达到目的。
zhou2009大侠生成MO和电子密度用了多步输入，其实，实现cubegen的功能，只需要如下1个命令
cubegen 0 ...

把服务器上的单点计算的文件所产生的checkpoint文件经如下途径转换化：
formchk 1.chk 1.fchk
再用如下方法，
cubegen 0 potential 1.fchk 1.cube 0 h
把产生的cube文件下载到windows系统的计算机上，用GV打开后，是否可以直接点击surface action而不用管cube action就可以直接作静电势图？
非常感谢。

15楼2009-10-12 18:30:01

ZJboy

木虫 (著名写手)

应助: 34 (小学生)
金币: 5707.3
散金: 92
红花: 8
帖子: 1315
在线: 332.8小时
虫号: 430962
注册: 2007-08-11
性别: GG
专业: 配位化学

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

引用回帖:

Originally posted by ZJboy at 2009-10-12 18:30:

把服务器上的单点计算的文件所产生的checkpoint文件经如下途径转换化：
formchk 1.chk 1.fchk
再用如下方法，
cubegen 0 potential 1.fchk 1.cube 0 h
把产生的cube文件下载到windows系统的计算机上，用GV打 ...

但是这样做出来的静电势图非常奇怪，是不是少了什么步骤。
用GV打开cube文件后点surfaces，发现cube actions里已经有内容，所以直接在surfaces actions作图。但结果离奇。

16楼2009-10-12 21:03:22