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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】怎么计算某一区域的溶剂与溶质的相互作用

如题,怎么计算某一区域的溶剂与溶质的相互作用。
跑完2ns的分子动力学,想计算某一区域的溶剂于溶质的相互作用,可是在不同的时间这一区域的溶剂分子总是不同的。我能给不同时间在这一区域的分子。可是这往后的相互作用能怎么算呢?请各位网友,老师帮忙,如果有相关资料给传上来学习学习也可以。

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-15 at 23:13 ]
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迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 18:58
namd 中Pair Interaction Calculations 可以计算原子集团间的相互作用。
5楼2009-07-10 18:56:16
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superdirac

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 10:03
1:你是拿什么算的??
   2:你最后想要什么?? 溶质与溶剂的相互作用的力?? 还是相互作用能??
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
2楼2009-07-09 16:07:16
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tpp001

金虫 (著名写手)

1我现在用的是gromacs,可是不知道怎么计算好。。。
2.我最后想要的是相互作用能..
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
3楼2009-07-10 08:28:39
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superdirac

木虫 (正式写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 18:46
 呵呵!
   我用NAMD。
   在NAMD里,算得相互作用的话, 有现成的脚本。
   但是gromacs里就不知道了! 抱歉!
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
4楼2009-07-10 17:47:09
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