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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】怎么计算某一区域的溶剂与溶质的相互作用
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】怎么计算某一区域的溶剂与溶质的相互作用

如题，怎么计算某一区域的溶剂与溶质的相互作用。
跑完2ns的分子动力学，想计算某一区域的溶剂于溶质的相互作用，可是在不同的时间这一区域的溶剂分子总是不同的。我能给不同时间在这一区域的分子。可是这往后的相互作用能怎么算呢？请各位网友，老师帮忙，如果有相关资料给传上来学习学习也可以。

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-15 at 23:13 ]
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2009-07-09 15:48:29
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 10:03
1：你是拿什么算的？？
   2：你最后想要什么？？ 溶质与溶剂的相互作用的力？？ 还是相互作用能？？
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
2楼2009-07-09 16:07:16
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tpp001

金虫 (著名写手)
1我现在用的是gromacs,可是不知道怎么计算好。。。
2.我最后想要的是相互作用能..
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
3楼2009-07-10 08:28:39
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 18:46
　呵呵！
   我用NAMD。
   在NAMD里，算得相互作用的话， 有现成的脚本。
   但是gromacs里就不知道了！　抱歉！
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
4楼2009-07-10 17:47:09
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 18:58
namd 中Pair Interaction Calculations 可以计算原子集团间的相互作用。
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5楼2009-07-10 18:56:16
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tpp001

金虫 (著名写手)
像我这种情况也可以吗？
算某一区域的溶剂与溶质的相互作用，可是这一区域的溶剂分子在不同的时间总是不同的。
gromacs也可以计算2个集团间的相互作用，可是必须是2个固定的集团。像我这种情况我用gromacs还不能处理。不知道你们说的namd，是一个怎么样的情况
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
6楼2009-07-11 08:48:25
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zczc6

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-17 09:34
相互作用应是依据统计力学的平均，局部区域总是涨落的。
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7楼2009-07-16 23:10:25
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