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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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dongyang5028

金虫 (正式写手)

[交流] 水上怎么加氢啊--朋友们请进啊

各位高手请帮我看看:我的晶体外面都飘着水,用理论加氢加不上,用手动加氢,sp3 Non-hydrogen bonded Hydroxyl(o) , sp3 Hydrogen bonded hydroxyl(o)两种方式都加不上,所以每个加不上氢的水就占一个A类错误.
有的水我把占有率给改成了10.5, check的时候就没有A类错误,而有的水一改成10.5,热震动就变成实心的了.
我有几个问题,1,飘着的水如何加氢啊?  2, 如果加不上氢,改占有率,振震动怎么从实心的再变成椭球了.
困扰好久了,各位高手快给我解决吧,谢谢啦!
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laoxiang

银虫 (小有名气)

论坛里有很多水加氢的贴子哦
2楼2009-07-09 10:25:19
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244073931

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
waiy2001(金币+1,VIP+0): 7-9 22:44
增加Q峰数量,然后根据合适的角度指定H,并在ins文件中加命令限制OH键长和HH间距离,再精修
3楼2009-07-09 18:14:28
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dongyang5028

金虫 (正式写手)

哦,那如何ins文件中加命令以及限制OH键长和HH间距离啊 ?用什么命令啊,谢谢了,我是新手上路。
4楼2009-07-11 16:05:10
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john_33

金虫 (小有名气)


waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢 7-13 15:54
可用envi命令,找出O周围的Q峰,name H。然后固定O-H距离后,精修
要设定目标,但不要设置期限
5楼2009-07-13 11:16:03
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dpzhang

木虫 (正式写手)

你好

★ ★
waiy2001(金币+2,VIP+0):谢 谢 7-14 16:06
两种办法:一种是增加q峰的数目,找到合适的角度和距离命名为H,然后在ins中甲命令:dfix 0.82 0.01 Ox Hx Ox Hy, dfix 1.38 0.02 Hx Hy.另一种:增加q峰后,在wingx中让其自动寻找加氢。不要随便改占有率。
生活还要继续
6楼2009-07-14 15:14:49
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maomao11259

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
waiy2001(金币+2,VIP+0):多谢交流 7-16 13:02
1.Fmap上找到氢的位置,若找不出,给出更多的Q
2.精修后,检查H的位置是否化学合理
3.在xp中,用Himp固定X-H的键长,如himp H1 H2 0.85
4.在ins 文件中,同时在新加的H前加afix 3,并以 afix 0结束,并将其温度因子改为-1.5
7楼2009-07-16 08:42:35
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