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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】Minimazation 问题
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香奈儿3182

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】Minimazation 问题

请问有人知道在DS中进行Minimization时，最大步长怎么选择吗？如果我已经用默认值时，在output文件中的，Minimization criteria中怎么看能量最小化的程度？请求高手指点！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:31 ]
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1楼 2009-07-08 14:54:23
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qixingbao07

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-10 10:24
香奈儿3182(金币+2,VIP+0):谢谢 7-14 09:34
一般先选择最大梯度下降法，设定它几千步，再共轭梯度法设定它几万步试试。这个都是要摸索的。没有固定的步数去限制的。
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2楼2009-07-09 08:09:29
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童心

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 8-9 22:38
若你是要做动力学优化，光mini是不够的，可以先用mini的SD、在CG，然后跑dynamics，至于mini由于是比较简单快速的优化，因此采用它默认的设置也是可以的，当然，比较好的是mini SD的时候用5000，CG用2500-5000都可以，也可以稍微改动跑CG的RMS，如0。001.
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3楼2009-08-09 21:48:00
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