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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请问如何使用三代测序的参考基因组序列
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Wistal

铁虫 (初入文坛)

[求助] 请问如何使用三代测序的参考基因组序列

手里有一批二代双端测序的数据，看到最新报道的三代测序参考序列，想重新比对一下。因为实验物种是双倍体。
问一下有人做过这个吗？
使用HISAT2进行mapping的时候是使用primary config 还是也考虑等位基因？
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1楼 2020-04-27 21:18:52
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
比对的目的是什么？想解决一个什么生物学问题？
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2楼2020-04-28 09:23:15
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Wistal

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-04-28 09:23:15
比对的目的是什么？想解决一个什么生物学问题？

就是作为转录组数据的参考序列
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3楼2020-05-02 16:12:29
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