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wjiang

金虫 (小有名气)

[求助] 请教基因调节问题 已有1人参与

我获得一组X基因敲除表达谱芯片数据,找到某个差异性Y基因。但X基因肯定不是转录因子,lncrna和microrna,我想怎么研究x和y之间相互作用。因为x不是转录因子和,lncrna和microrna,我认为xy之间的相互作用,只能是间接作用。是否考虑敲除x基因后做rna-seq,或lncrna或microrna芯片,然后找出调节y基因的转录因子,lncrna或microrna。但x如何影响转录因子和lncrna  microrna就不知道怎么办了
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爆炒小木虫

新虫 (小有名气)

你得找找文献,间接作用的话,比较难找

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2楼2020-04-11 20:11:40
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QBLiqibing

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
感觉思路有些不太合适,X基因敲除后Y基因差异表达,(1)结果真实性问题,是否存在脱靶(当然相信已经考虑过了);(2)Y基因差异表达是蛋白水平还是转录水平呢?(3)X、Y基因的GO功能注释,是否存在信号通路上下游的关系?(4)是否存在伴侣分子关系?(5)X、Y是否存在相互作用的可能客观条件或者可能性?(6)还有转录因子和/或者转录因子活性怎么排除的?
3楼2020-04-13 17:23:51
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香园白丁

金虫 (小有名气)

4楼2020-04-13 23:24:44
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