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wjiang

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[求助] 请教基因调节问题已有1人参与

我获得一组X基因敲除表达谱芯片数据，找到某个差异性Y基因。但X基因肯定不是转录因子，lncrna和microrna，我想怎么研究x和y之间相互作用。因为x不是转录因子和，lncrna和microrna，我认为xy之间的相互作用，只能是间接作用。是否考虑敲除x基因后做rna-seq，或lncrna或microrna芯片，然后找出调节y基因的转录因子，lncrna或microrna。但x如何影响转录因子和lncrna microrna就不知道怎么办了

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1楼 2020-04-11 15:05:59

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爆炒小木虫

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你得找找文献，间接作用的话，比较难找

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2楼2020-04-11 20:11:40

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QBLiqibing

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

感觉思路有些不太合适，X基因敲除后Y基因差异表达，（1）结果真实性问题，是否存在脱靶（当然相信已经考虑过了）；（2）Y基因差异表达是蛋白水平还是转录水平呢？（3）X、Y基因的GO功能注释，是否存在信号通路上下游的关系？（4）是否存在伴侣分子关系？（5）X、Y是否存在相互作用的可能客观条件或者可能性？（6）还有转录因子和/或者转录因子活性怎么排除的？

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3楼2020-04-13 17:23:51

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