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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请教基因调节问题
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wjiang

金虫 (小有名气)

[求助] 请教基因调节问题 已有1人参与

我获得一组X基因敲除表达谱芯片数据，找到某个差异性Y基因。但X基因肯定不是转录因子，lncrna和microrna，我想怎么研究x和y之间相互作用。因为x不是转录因子和，lncrna和microrna，我认为xy之间的相互作用，只能是间接作用。是否考虑敲除x基因后做rna-seq，或lncrna或microrna芯片，然后找出调节y基因的转录因子，lncrna或microrna。但x如何影响转录因子和lncrna  microrna就不知道怎么办了
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1楼 2020-04-11 15:05:59
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爆炒小木虫

新虫 (小有名气)
你得找找文献，间接作用的话，比较难找

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2楼2020-04-11 20:11:40
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QBLiqibing

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
感觉思路有些不太合适，X基因敲除后Y基因差异表达，（1）结果真实性问题，是否存在脱靶（当然相信已经考虑过了）；（2）Y基因差异表达是蛋白水平还是转录水平呢？（3）X、Y基因的GO功能注释，是否存在信号通路上下游的关系？（4）是否存在伴侣分子关系？（5）X、Y是否存在相互作用的可能客观条件或者可能性？（6）还有转录因子和/或者转录因子活性怎么排除的？
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3楼2020-04-13 17:23:51
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香园白丁

金虫 (小有名气)
同意楼上

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4楼2020-04-13 23:24:44
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