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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 生物信息学问题如何实现根据某一氨基酸序列对其他物种的氨基酸序列进行编号？
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小x要努力

新虫 (初入文坛)

[求助] 生物信息学问题如何实现根据某一氨基酸序列对其他物种的氨基酸序列进行编号？ 已有1人参与

非生物信息学专业，但是做了生物信息学的毕业设计想找大佬请教一下。
想请教一下这个文献当中的，根据牛视紫红质氨基酸对其他物种中的opsin序列进行编号，是什么意思，怎样才能做到？谢谢
文献原文如下：
“得到的候选视蛋白氨基酸序列的用 clustal w软件进行多重序列比对，并根据牛视紫红质氨基酸（lLH， Palczewski等，2000； Teller等，2001）对其他物种中
opsin序列的氨基酸位置进行编号。”
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1楼 2020-03-14 22:21:52
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candlelight1

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

它的意思是做了多重比对，这样就可以得到其它序列和 ref序列的相对位置， 你下载一个 mega 或者 clustalw 软件做多重比对就行了
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小x要努力
2楼2020-03-21 20:05:24
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小x要努力

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by candlelight1 at 2020-03-21 20:05:24
它的意思是做了多重比对，这样就可以得到其它序列和 ref序列的相对位置， 你下载一个 mega 或者 clustalw 软件做多重比对就行了

您好，我还想问一下，因为我现在做的是通过几个功能相同的同源蛋白序列来筛选某个物种中该功能蛋白序列， 在用blast的时候，可以多个同源蛋白放在一个文件当中进行筛选还是要逐个比对？如果是逐个比对，如何对每个同源序列得到的蛋白如何处理，比如是取交集还是并集？

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3楼2020-03-22 20:39:08
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冷血孤峰

银虫 (小有名气)
用clustalw操作一下就可以了

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4楼2020-05-19 08:04:01
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