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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 求助cif文件中的A类错误
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zhangxin66

铁虫 (小有名气)

[交流] 求助cif文件中的A类错误

我这个晶体结构很新，但是CIF文件中A类错误较多，希望高手帮帮忙，我不想放弃它，谢谢。
LABEL01_ALERT_1_A  An _atom_site_label occurs more than once in the atom list.
            H5
PLAT414_ALERT_2_A Short Intra D-H..H-X       H2A    ..  H8A     ..       1.79 Ang.
PLAT414_ALERT_2_A Short Intra D-H..H-X       H3A    ..  H27A    ..       1.72 Ang.
PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .     408.00 A**3
PLAT725_ALERT_2_A D-H     Calc    12.24000, Rep     0.82000 Dev...      11.42 Ang.
              O5   -H1#     1.555   1.555                                      
PLAT726_ALERT_2_A H...A   Calc     9.57000, Rep     1.95000 Dev...       7.62 Ang.
              H1#  -N3      1.555   1.555                                      
PLAT070_ALERT_1_A Duplicate Atomic Label on INPUT ................         H5     
PLAT234_ALERT_4_A Large Hirshfeld Difference C37    --  C38     ..       0.31 Ang.
PLAT721_ALERT_1_A Bond    Calc    12.24000, Rep     0.82000 Dev...      11.42 Ang.
              O5   -H5      1.555   1.555                                      
PLAT722_ALERT_1_A Angle   Calc       91.00, Rep      109.50 Dev...      18.50 Deg.
              C20  -O5   -H5      1.555   1.555   1.555                        
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc        2.00, Rep      148.50 Dev...     146.50 Deg.
              O5   -H1#  -N3      1.555   1.555   1.555
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1楼 2009-07-01 20:37:04
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)
waiy2001(金币+0,VIP+0):为啥不说一下会的那个呢?呵呵 7-2 08:38
可以确定我会解决其中一个，其他的不明白，跟帖学习
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但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
2楼2009-07-01 20:43:09
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xifengjin

金虫 (正式写手)
在线check都有提示
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3楼2009-07-01 22:22:44
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xglegl

木虫 (正式写手)
★
waiy2001(金币+1,VIP+0):谢 谢,呵呵 7-2 08:39
这些问题都能解决的 主要是氢加错了和可能还有大的Q峰没有认定 是溶剂的 后面的3个是由于你用了DFIX产生的错误 直接在CIF中改就是了
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4楼2009-07-01 23:10:15
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xglegl

木虫 (正式写手)
你愿意的话给我帮你看看吧 setoff@foxmail.com
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5楼2009-07-01 23:11:22
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
zhangxin66(金币+5,VIP+0):很感谢你的帮助 7-2 10:59
求助cif文件中的A类错误

我这个晶体结构很新，但是CIF文件中A类错误较多，希望高手帮帮忙，我不想放弃它，谢谢。
LABEL01_ALERT_1_A  An _atom_site_label occurs more than once in the atom list.
            H5

有两个H5呢. 改名之!

PLAT414_ALERT_2_A Short Intra D-H..H-X       H2A    ..  H8A     ..       1.79 Ang.
PLAT414_ALERT_2_A Short Intra D-H..H-X       H3A    ..  H27A    ..       1.72 Ang.


以上两个都是加氢不当造成H-H距离太近. 要重新加其中的一个.

PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .     408.00 A**3

还有客体分子没找完呢. 那些残余峰虽然低,有时还是不可忽视的.

PLAT725_ALERT_2_A D-H     Calc    12.24000, Rep     0.82000 Dev...      11.42 Ang.
              O5   -H1#     1.555   1.555                                      
PLAT726_ALERT_2_A H...A   Calc     9.57000, Rep     1.95000 Dev...       7.62 Ang.
              H1#  -N3      1.555   1.555                                      
PLAT070_ALERT_1_A Duplicate Atomic Label on INPUT ................         H5

以上也是H重名造成的.
   
PLAT234_ALERT_4_A Large Hirshfeld Difference C37    --  C38     ..       0.31 Ang.

这两个都是碳吗?

PLAT721_ALERT_1_A Bond    Calc    12.24000, Rep     0.82000 Dev...      11.42 Ang.
              O5   -H5      1.555   1.555                                      
PLAT722_ALERT_1_A Angle   Calc       91.00, Rep      109.50 Dev...      18.50 Deg.
              C20  -O5   -H5      1.555   1.555   1.555                        
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc        2.00, Rep      148.50 Dev...     146.50 Deg.
              O5   -H1#  -N3      1.555   1.555   1.555

以上应该都是H重名造成的.
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xi2004-emuch@163.com
6楼2009-07-02 08:40:21
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zhangxin66

铁虫 (小有名气)

回复xi2004

PLAT414_ALERT_2_A Short Intra D-H..H-X       H2A    ..  H8A     ..       1.79 Ang.
PLAT414_ALERT_2_A Short Intra D-H..H-X       H3A    ..  H27A    ..       1.72 Ang.
以上两个都是加氢不当造成H-H距离太近. 要重新加其中的一个.

我重加H了，可不起作用，请问具体要怎么操作呢，谢谢



PLAT234_ALERT_4_A Large Hirshfeld Difference C37    --  C38     ..       0.31 Ang.

这两个都是碳吗?
这两个都是C，而且周围没有残峰，不知道为什么会出现这个错误提示
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7楼2009-07-02 21:40:13
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sunjing120

铁杆木虫 (小有名气)

老太太
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
在解析时我也遇到此问题，没办法，用Q峰加氢解决了，试试看
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sunjing
8楼2009-07-02 21:44:09
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