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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 信息科学 » 软件工具 » 【求助】HMM在生物信息学方面的应用
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crystalpang

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】HMM在生物信息学方面的应用

想用HMM方法进行多条序列比对，在网上查了可用的软件，像HMMER，SAM好象都是只针对蛋白质序列的，我猜是因为DNA序列字符只有四种，所以效果不好。
问题是我需要进行多条核酸序列比对，而且不想事先设置比对替换矩阵和空位罚分，有什么其它方法能满足这个要求吗？好象Bayes aligner能做到，但我记忆中那个是做两条序列比对的，是否可以做多条序列呢？
请各位赐教。
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1楼 2009-07-01 09:59:32
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wcwyf

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
幻影无痕(金币+1,VIP+0):欢迎常来交流！ 7-1 11:28
HMM 被做烂了。兄弟换个模型吧。
事实上，hmm之类的模型都是从npl (自然语言处理)上借鉴过来的。原因是sequence可以被看做是一种语句。
有空看看NPL方面的东西或许能对你有启发。
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2楼2009-07-01 10:12:47
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crystalpang

铜虫 (小有名气)
我不是要做模型，是找现成的软件应用啊。
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3楼2009-07-04 15:13:10
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