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freshgirl

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】设置周期性边界条件

我将Si沿001方向切,形成如图所示的图形。我现在想让这个结构在X和Y方向上有周期性,Z方向上无限延长。

看之前版上有讨论这个问题,是建立一个超晶胞。那么我都已经切成这样了,如何再建立超晶胞呢?
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yxcai

铁杆木虫 (著名写手)


freshgirl(金币+1,VIP+0):谢谢参与 6-30 13:14
楼主表述不清,xy方向具有周期性没错,如果在z方向无限延长不也是具有周期性吗?一般这样需要在表面设置一定厚度的真空层,如果用CASTEP计算它仍然是周期性结构
2楼2009-06-30 10:48:09
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freshgirl

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by yxcai at 2009-6-30 10:48:
楼主表述不清,xy方向具有周期性没错,如果在z方向无限延长不也是具有周期性吗?一般这样需要在表面设置一定厚度的真空层,如果用CASTEP计算它仍然是周期性结构

如何操作设置真空层?
3楼2009-06-30 13:14:25
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qphll

金虫 (正式写手)


freshgirl(金币+1,VIP+0):谢谢参与 6-30 16:15
在建模时候不需要考虑z方向,比如你的XY方向建立好了,size为:10.0*12.0
以长方体盒子为例子,用vmd打开,在控制台输入如下命令:
molinfo top set a 10.0
molinfo tio set b 12.o
molinfo top set c 15.0
molinfo top set alpha 90.0
molinfo top set beta 90.0
molinfo top set gamma 90.0

然后在representation里面检查周期性盒子是否完美.

这里c设置的15.0,数值只要保证该结构不会和它的镜像作用就可以.当然取得太大,也是浪费,可以通过优化找个这个值

如果楼主有用MS,那么我记得MS的tutorial里面有这个部分的建模,真空层的设置其实就是设置一个合适的slab高度.
Life, Love, Laugh.
4楼2009-06-30 14:46:01
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freshgirl

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by qphll at 2009-6-30 14:46:
在建模时候不需要考虑z方向,比如你的XY方向建立好了,size为:10.0*12.0
以长方体盒子为例子,用vmd打开,在控制台输入如下命令:
molinfo top set a 10.0
molinfo tio set b 12.o
molinfo top set c 15.0
molinf ...

这个原理我不明白,建立的这个周期性盒子,是不是要和我的最小重复周期性单元的大小刚好一样?

同时,XY方向的边界原子怎么处理?不饱和的键要补H原子嘛?但是周期性结构本来边界就不应该是饱和的原子。这个矛盾怎么解决?
5楼2009-06-30 16:14:56
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qphll

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
freshgirl(金币+3,VIP+0):完全解决了,谢谢你~ 6-30 23:06
(1) 不需要保证周期性盒子的大小和你的最小重复周期性单元大小一样.这个就好比supercell和unit cell的关系,当然,如果你使用unit cell就可以,那么做到这点也是没有问题,但是不做强制性要求.

(2) 边界原子不需要H饱和,否则反而不对了.这也是为什么需要在vmd里面check的原因.
Life, Love, Laugh.
6楼2009-06-30 21:08:19
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