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weixp2008

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】高斯优化出的原子键

请教大家,我用chemoffice建的模,用G03优化出的结构,但是用gview打开输出文件后某些原子的键显示了,某些原子的键(建模时都有)没有显示,我现在想知道的是,我们则么就可以知道哪两个原子间就存在键呀,哪两个原子间不存在键(在没有显示键的两原子间),因为要的是原子结构,所以很想知道,可以说具体点吗?谢谢了

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 18:45 ]
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

★ ★
weixp2008(金币+1):谢谢参与
gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢 6-30 11:20
原子间有没有键不是看软件中的显示,而要测定原子间的距离。看是否在有效成键范围内来判断。
愿好运与快乐伴随你!
2楼2009-06-29 21:43:10
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S07111072

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
weixp2008(金币+1):谢谢参与
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢 6-30 11:20
同意2楼的说法,而且对于不同的软件,由于参数的设置不同键长的显示也会不同,只有所算的分子键长在所用软件的参数范围内,原子间的键就可以看见
3楼2009-06-29 22:09:23
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weixp2008

木虫 (著名写手)

那难到超出了成键范围就没有键了吗?但是,我看人家文章即使超出了成键范围也有键呀
4楼2009-06-29 22:36:59
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢 6-30 11:20
不错,对超出一般的成键长度范围的原子间距离,一般被认为两原子间没有键,但如果你希望(认为)对这种状况仍可能有成键的话,你就必须拿出成键的依据出来,比如说轨道什么的。
愿好运与快乐伴随你!
5楼2009-06-30 06:17:55
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王中学

木虫 (正式写手)

海边拾贝的顽童

★ ★
weixp2008(金币+1):谢谢参与
gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢 6-30 11:20
一般我这样认为,看两个原子的距离,如果在共价半径和附近或小于,我一般认为成建。不知道这样认为对吗
君当如兰,幽谷长风,宁静志远
6楼2009-06-30 09:08:48
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szmeng

至尊木虫 (文坛精英)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢 6-30 11:19
gview打开log&out文件,会出现这样现象,优化完成就进行下一步工作。
7楼2009-06-30 10:35:21
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qphll

金虫 (正式写手)

★ ★
gwdavid(金币+1,VIP+0):感谢交流 6-30 19:46
gwdavid(金币+1,VIP+0):感谢交流 6-30 19:47
同意六楼的经验判断,确实是否成键得看距离,和软件有关,如果楼主一定要让它们成键,那么得手动连接起来.不过不知道哪款visualization软件可以做到?
Life, Love, Laugh.
8楼2009-06-30 14:17:56
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主


gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢 6-30 19:46
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2009-6-30 14:17:
同意六楼的经验判断,确实是否成键得看距离,和软件有关,如果楼主一定要让它们成键,那么得手动连接起来.不过不知道哪款visualization软件可以做到?

GaussView就可以。调整preferences就行
9楼2009-06-30 15:34:59
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主


gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢 6-30 19:46
引用回帖:
Originally posted by weixp2008 at 2009-6-29 21:39:
请教大家,我用chemoffice建的模,用G03优化出的结构,但是用gview打开输出文件后某些原子的键显示了,某些原子的键(建模时都有)没有显示,我现在想知道的是,我们则么就可以知道哪两个原子间就存在键呀,哪两个 ...

参考http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1393824
10楼2009-06-30 15:36:17
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