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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 基因组保守蛋白的系统进化发育分析
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miaojiu2012

新虫 (初入文坛)

[交流] 基因组保守蛋白的系统进化发育分析 已有1人参与

查到文献中方法是这样的：
1.从 N个 基因组中相互检索所有蛋白质（使用 all vs. all BLAST search），根据检索得到结果将蛋白分为不同家族，再进行进一步的 比较分析，结合 Blastn(perc identity>75)和 Blastp (evalue=1e-5)，获得在 N个 基因组中均保守蛋白。
2.分别对每个蛋白运用 QuickProbs 2 软件进行比对，然后运用 TrimAl软件对 比对结果进行修剪，移除有太多 gaps 的列，其中 cutoff 值选-gt 0.8。 最后，使用 FastTree的最大似然法构建系统发育树。

求问下 cutoff 值选-gt 0.8和Blastn(perc identity>75)和 Blastp (evalue=1e-5)是哪里来的依据呢？
谢谢
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1楼 2020-01-27 19:40:02
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zyz2007

金虫 (正式写手)
经验值吧，

发自小木虫IOS客户端
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2楼2020-01-27 21:29:11
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miaojiu2012

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyz2007 at 2020-01-27 21:29:11
经验值吧，

您好，请问能稍微具体说一下吗~有没有相关文献呀~
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3楼2020-01-29 15:53:43
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