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基因组保守蛋白的系统进化发育分析已有1人参与
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查到文献中方法是这样的： 1.从 N个 基因组中相互检索所有蛋白质（使用 all vs. all BLAST search），根据检索得到结果将蛋白分为不同家族，再进行进一步的 比较分析，结合 Blastn(perc identity>75)和 Blastp (evalue=1e-5)，获得在 N个 基因组中均保守蛋白。 2.分别对每个蛋白运用 QuickProbs 2 软件进行比对，然后运用 TrimAl软件对 比对结果进行修剪，移除有太多 gaps 的列，其中 cutoff 值选-gt 0.8。 最后，使用 FastTree的最大似然法构建系统发育树。 求问下 cutoff 值选-gt 0.8和Blastn(perc identity>75)和 Blastp (evalue=1e-5)是哪里来的依据呢？ 谢谢 |
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zyz2007
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2楼2020-01-27 21:29:11