24小时热门版块排行榜

返回列表

当前主题已经存档。

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yumichong66

铜虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 192
帖子: 38
在线: 12.9小时
虫号: 509694
注册: 2008-02-23

[交流] 画进化树求助！！！

我测得是固氮微生物的功能基因，大小为500bp左右，在NCBI网站上比对后Max ident的值为89%-81%，77%-79%不等。
请问，如果我要下序列画进化树，那么我应该选择什么样的序列呢？
还有，下载下来的序列是否应该先进行编辑，然后再到MAGE中画树，比如说用我的引物和下载的序列进行比对，然后去除它的首末等等的编辑！
请指教，不甚感激！！

[ Last edited by 350784478 on 2009-6-24 at 10:06 ]

回复此楼

» 猜你喜欢

26年申博自荐-计算机视觉已经有4人回复
考博已经有4人回复
药化及相关博士的申请已经有3人回复
一篇MDPI论文改变了学习工作和生活已经有4人回复
一个化合物的合成路线：CAS:367929-02-0 名称：8β-乙烯基雌二醇已经有4人回复
太白金星有点烦已经有3人回复
中国地质大学（北京）博士招生补录，数理学院材料科学与工程专业和材料与化工专业已经有3人回复
收到国自然专家邀请后几年才会有本子送过来评已经有3人回复
有没有快的中文核心比较快录用的，纳米材料光催化已经有4人回复

1楼 2009-06-24 09:42:38

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

yumichong66

铜虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 192
帖子: 38
在线: 12.9小时
虫号: 509694
注册: 2008-02-23

引用回帖:

Originally posted by wul1984 at 2009-6-24 10:13:
MEGA也可以的！
NCBI上面的序列一般都是去引物的，所以，你可能需要把自己的序列编辑一下，去掉引物和末端测序不准的序列。
序列比对的话，一般都是找一个类群的序列（一个属或者一个科的），这样系统发育关系比 ...

请问你的意思是去除你的引物，取引物之间的序列，而不是保留引物，去除引物之前和之后的吗？
另外，我还有疑问，比对结果中会有全基因组的序列，对于这部分序列肯定是要编辑的，在BioEdit等软件中根本运行不上来，请问这该怎么办？