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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 画进化树求助！！！
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yumichong66

铜虫 (初入文坛)

[交流] 画进化树求助！！！

我测得是固氮微生物的功能基因，大小为500bp左右，在NCBI网站上比对后Max ident的值为89%-81%，77%-79%不等。
请问，如果我要下序列画进化树，那么我应该选择什么样的序列呢？
还有，下载下来的序列是否应该先进行编辑，然后再到MAGE中画树，比如说用我的引物和下载的序列进行比对，然后去除它的首末等等的编辑！
请指教，不甚感激！！

[ Last edited by 350784478 on 2009-6-24 at 10:06 ]
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1楼 2009-06-24 09:42:38
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anik

银虫 (正式写手)
★
yumichong66(金币+1):谢谢参与
引物的序列不要在上面，最好是全序列进行比较。
DNAMAN比较好用的，是需要先进行编辑成软件需要的格式。
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2楼2009-06-24 09:59:24
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bioinflab

银虫 (小有名气)
★
yumichong66(金币+1):谢谢参与
画进化树时要去掉gap，多出来的序列
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3楼2009-06-24 10:03:49
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wul1984

金虫 (正式写手)
★ ★
yumichong66(金币+1):谢谢参与
yumichong66(金币+1,VIP+0): 6-24 10:30
MEGA也可以的！
NCBI上面的序列一般都是去引物的，所以，你可能需要把自己的序列编辑一下，去掉引物和末端测序不准的序列。
序列比对的话，一般都是找一个类群的序列（一个属或者一个科的），这样系统发育关系比较好推断！如果你不清楚自己的生物的类群，那就选相似度高的吧！
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4楼2009-06-24 10:13:00
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yumichong66

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by wul1984 at 2009-6-24 10:13:
MEGA也可以的！
NCBI上面的序列一般都是去引物的，所以，你可能需要把自己的序列编辑一下，去掉引物和末端测序不准的序列。
序列比对的话，一般都是找一个类群的序列（一个属或者一个科的），这样系统发育关系比 ...

请问你的意思是去除你的引物，取引物之间的序列，而不是保留引物，去除引物之前和之后的吗？
另外，我还有疑问，比对结果中会有全基因组的序列，对于这部分序列肯定是要编辑的，在BioEdit等软件中根本运行不上来，请问这该怎么办？
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5楼2009-06-24 10:35:52
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wul1984

金虫 (正式写手)
★ ★
yumichong66(金币+2,VIP+0):谢谢你的回复，十分感谢！ 6-25 12:15
我自己用的一些序列在NCBI上差不多都是去引物的，好像Seqin在上传序列的时候有这么一条要求。具体的你可以去看看相关说明
全基因组没有做过，但好像有一些可以用于全基因组Alignment的软件，这些都是可以自己编辑的，你去Bioinformatics应该能搜到一些这方面的文章
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6楼2009-06-25 08:40:09
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novaoy

金虫 (小有名气)
★
yumichong66(金币+1):谢谢参与
phylip比较好，据我所知mage一定要弄成同样长度，而phylip比较简单方便
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哼哼哈兮
7楼2009-07-22 22:03:34
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yyn0452

木虫 (正式写手)
★
yumichong66(金币+1):谢谢参与
生物信息学论坛有详细教程

欢迎访问生物信息学论坛http://bioon.5d6d.com
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8楼2009-07-23 00:51:12
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yyn0452

木虫 (正式写手)
个人意见不要先编辑


欢迎访问生物信息学论坛http://bioon.5d6d.com
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9楼2009-07-23 00:51:56
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白开水

木虫 (著名写手)
★
yumichong66(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by anik at 2009-06-24 09:59:24:
引物的序列不要在上面，最好是全序列进行比较。
DNAMAN比较好用的，是需要先进行编辑成软件需要的格式。

同意观点
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10楼2010-02-03 14:32:31
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