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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】TwoProbe Calculation 的奇怪问题(5个金币求助)
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zhuzhifeng

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】TwoProbe Calculation 的奇怪问题(5个金币求助)

建立了自旋极化（选取initial_scaled_spin）的两电极系统，在Electrodes Calculation 和 Equivalent Bulk Calculation (Initial Density for TwoProbe)计算都通过，但到了TwoProbe Calculation，每次都在
# Mulliken Population for sc 1
的地方报错，说矩阵不能对角化

Traceback (most recent call last):
  File "c:/docume~1/zhuzhi~1/locals~1/temp/2/tmpfyohy6.nl", line 311, in ?
    runtime_parameters = runtime_parameters
ATKError: inverse(DZMatrix const & : Could not LU factorize!
Terminated Abnormally

看计算过程，TwoProbe Calculation计算的是散射区电极和中心分子，发现# Mulliken Population for sc 1 内电荷基本都是q=0（比如q=-0.00001），但在# Mulliken Population for sc 0的q是正常的。也修改过一些参数，也优化过两电极系统结构，每次都是这样的错误，已经在这个问题上迷茫了很久，请达人给以指点，十分感谢！
另外说明：如果去掉自旋，计算能够通过。
不知道大家有没有遇到同样的问题，也可以讨论一下。
金币不多，仅表心意，给最佳答复者5个金币
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1楼 2009-06-21 23:17:03
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zhuzhifeng

木虫 (小有名气)
★
yjr(金币+1,VIP+0):难得这么积极，鼓励一下 6-22 16:05
引用回帖:
Originally posted by zdhlover at 2009-6-21 23:32:
请回答以下几个问题：你表面和电极分别设置了多少层？优化的的结构是否收敛？都尝试修改过什么参数？ 你用的基失是什么基失？

我是一个初学者，如有描述不当之处还请指出。
1。表面的电极分别为左3层、右4层，沿FCC结构的（001）方向；
2。中心分子结构用过老版的CG优化和新版的拟牛顿法优化，计算收敛且优化结果基本相同；对中心分子和散射电极的间距用计算能量最低的原则取其间距值；
3。尝试修改iterationMixingParameters中的algorithm, diagonal_mixing_parameter, quantity；
4。基矢采用SZP和DZP都在TwoProbe Calculation出现一样的错误，交换关联能尝试过GGA.PBE和GGA.RevPBE，都是和上面一样的错误。

不知道什么地方出了问题，谢谢
赞一下(6人) 回复此楼
3楼2009-06-22 15:11:33
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
请回答以下几个问题：你表面和电极分别设置了多少层？优化的的结构是否收敛？都尝试修改过什么参数？ 你用的基失是什么基失？
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2楼2009-06-21 23:32:52
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yjr(金币+1,VIP+0):给给奖励 6-22 16:04
zhuzhifeng(金币+5,VIP+0):谢谢，我试一下 6-23 10:25
spur(金币+2,VIP+0): 3Q！！谢谢帮助！^_^ 6-23 21:01
一般情况有如下情况：1，你的电极结构不合理，请尝试沿Z方向增加电极原胞数目
                              2，尝试减小Z方向k点数目
                              3，检查内存是否够用，体系是否过大
                              4，修改equivalent bulk calculation 为neutral atomic density
          希望能解决你的问题
赞一下(17人) 回复此楼
4楼2009-06-22 15:47:05
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zhuzhifeng

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zdhlover at 2009-6-22 15:47:
一般情况有如下情况：1，你的电极结构不合理，请尝试沿Z方向增加电极原胞数目
                              2，尝试减小Z方向k点数目
                              3，检查内存是否够用，体系是否过大
    ...

我试试方法4，因为我的bulk是自己建立的一个比电极大的bulk。才100个左右的原子，4G内存＋缓存没有出现内存和缓存警报。
谢谢你的回复
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5楼2009-06-23 10:38:24
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