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huairpan

木虫 (正式写手)

很牛

[交流] 软件或者方法求助_预测基因的表达产物

如题,现在手头上有一DNA序列,有什么软件或者方法可以预测出该序列所表达出的蛋白产物?多谢给出建议!
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我思故我在
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gastrodia

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你先用翻译软件找出阅读框,看一下是否完整的基因http://www.vivo.colostate.edu/molkit/translate/,使用该网址进行翻译,他会给出正向或反向三种阅读框,如果你的基因ATG前面有终止子,ATG后面若干长度处有终止子,而且从ATG到终止子的蛋白质序列去NCBI blast后与你的预期吻合,那么你得到极有可能是基因的全长,还可以去EST scan 一下,如果ESTscan的结果也支持,全长的可能性就极大了

MFold 预测二级结构
promoter scan预测启动子
core promoter预测转录起始
Expasy Protparam预测理化性质
signalp 3.0 分析信号肽
expasy TMHMM 预测跨膜区
Esypred3D预测三级结构,

类似软件和站点太多,你自己去搜吧
2楼2009-06-19 18:44:10
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生物之渊

铜虫 (小有名气)

一楼很具体
3楼2009-06-19 18:50:10
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rkrl001

木虫 (正式写手)

学习了,呵呵
4楼2009-06-26 15:11:30
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