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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)

[交流] A提示讨论

430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O3     ..  O3  (羧基上的双键氧)    ..       2.51 Ang.

This test alerts for possibly missed Hydrogen bonds as indicated by short
(i.e. shorter than sum of the van der Waals radii - 0.2 Angstrom)
Donor - Acceptor distances.

Note: Short C=O .. O=C are observed sometimes when part of three-centre
O-H, N-H or C-H O..O bridging.
大家对这样的提示和解释怎么看?或者高手出出招看怎么解决?
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liutaone

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
zhaoyangqufu(金币+2,VIP+0):谢谢师兄了 6-17 21:55
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 6-17 22:00
Note: Short C=O .. O=C are observed sometimes when part of three-centre
O-H, N-H or C-H O..O bridging
你这个距离是合理的,羧酸上两个CO键的键长可能不一样吧,你根据这个把氢加在正确的O原子上,然后解释的时候就说这个距离对于强的氢键是合理的就可以了,我想应该没有什么问题的。看你的氢键是不是note里的类型。
7楼2009-06-17 21:24:56
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liutaone

木虫 (正式写手)


★ ★
zhaoyangqufu(金币+2,VIP+0):羧基上已经加氢了,问题是氢加在一个氧原子上,羧基上另一个氧原子就会出现这个提示。 6-17 18:54
应该是没加氢吧,你把O上加了氢就解决了
2楼2009-06-17 18:51:09
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wenxue_j

木虫 (正式写手)

★ ★
zhaoyangqufu(金币+2,VIP+0):谢谢,继续支招啊。 6-17 18:58
没加氢,和楼上兄弟认为一样。
3楼2009-06-17 18:56:14
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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)

羧基上已经加氢了,问题是氢加在一个氧原子上,羧基上另一个氧原子就会出现这个提示。
4楼2009-06-17 18:57:43
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