应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 如何用VESTA绘制离子概率密度图
101/1返回列表
查看: 2595  |  回复: 9
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

爱亚的猩猩

新虫 (正式写手)

[求助] 如何用VESTA绘制离子概率密度图已有1人参与

如题，我用VASP的AIMD模拟了100ps的原子运动，想把其中一种原子的概率密度画出来，文献里【Adv. Energy Mater. 2019, 1902373】经常出现这种图，都说是用VESTA画的。我知道每一步的原子坐标都在XDATCAR里面，如何把他们转化成概率密度呢？并且用VESTA可视化出来？多谢指导，感激不尽！！

如何用VESTA绘制离子概率密度图
离子概率密度.png
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼2020-01-08 15:21:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
100 ps……
用pymatgen的diffusion模块可以实现这样的图
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

爱亚的猩猩
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
2楼2020-01-08 16:12:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱亚的猩猩

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-08 16:12:42
100 ps……
用pymatgen的diffusion模块可以实现这样的图

谢谢您的回复！我试一下学一学
赞一下 回复此楼
3楼2020-01-14 09:53:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱亚的猩猩

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-08 16:12:42
100 ps……
用pymatgen的diffusion模块可以实现这样的图

你好，我看到网上介绍pymatgen的安装是先安装conda，再安装pymatgen，您看是是这样吧？另外，pymatgen的diffusion模块不需要再安装了吧？
赞一下 回复此楼
4楼2020-01-14 10:18:14
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
爱亚的猩猩: 金币+100, ★★★★★最佳答案 2020-01-16 09:40:00
引用回帖:
4楼: Originally posted by 爱亚的猩猩 at 2020-01-14 10:18:14
你好，我看到网上介绍pymatgen的安装是先安装conda，再安装pymatgen，您看是是这样吧？另外，pymatgen的diffusion模块不需要再安装了吧？...

对，先安装anaconda，然后用conda装pymagen。diffusion模块需要另外装，好像软件包的名字是pymatgen-diffusion。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

爱亚的猩猩
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
5楼2020-01-15 12:52:49
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱亚的猩猩

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-15 12:52:49
对，先安装anaconda，然后用conda装pymagen。diffusion模块需要另外装，好像软件包的名字是pymatgen-diffusion。...

谢谢您的回复！再咨询您最后一个问题，使用这个软件的时候，我需要给它提供vasp的什么数据呢？比如XDATCAR？然后获得的结果用什么软件可视化呀？再次感谢
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2020-01-16 09:43:16
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 爱亚的猩猩 at 2020-01-16 09:43:16
谢谢您的回复！再咨询您最后一个问题，使用这个软件的时候，我需要给它提供vasp的什么数据呢？比如XDATCAR？然后获得的结果用什么软件可视化呀？再次感谢...

需要vasprun.xml。得到的结果可以直接存成vasp的chgcar格式，然后用vesta打开画密度图
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

爱亚的猩猩
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
7楼2020-01-16 13:22:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱亚的猩猩

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-16 13:22:33
需要vasprun.xml。得到的结果可以直接存成vasp的chgcar格式，然后用vesta打开画密度图...

明白啦明白啦 多谢多谢！！
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2020-01-16 19:37:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱亚的猩猩

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-15 12:52:49
对，先安装anaconda，然后用conda装pymagen。diffusion模块需要另外装，好像软件包的名字是pymatgen-diffusion。...

抱歉又打扰你了，我按照http://www.52souji.net/install-pymatgen-in-windows.html的步骤，安装了anaconda，在进行conda装pymagen的时候出了Solving environment: failed with initial frozen solve.的错误，以及出现PackagesNotFoundError的错误。我按照网上的方法更新了conda，还是无法安装pymatgen……想问下您有可能的解决办法吗？或者其他安装pymagen和diffusion模块的方法，谢谢你啦
赞一下 回复此楼
9楼2020-01-19 13:51:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小菜硕一枚

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 爱亚的猩猩 at 2020-01-19 13:51:53
抱歉又打扰你了，我按照http://www.52souji.net/install-pymatgen-in-windows.html的步骤，安装了anaconda，在进行conda装pymagen的时候出了Solving environment: failed with initial frozen solve.的错误，以及出 ...

你早就解决这个问题了吧

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
10楼2023-04-21 01:10:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 爱亚的猩猩 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 SCI英文润色翻译-EnPapers美团队-先修改后付款
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 想请问下IEEE Trans最后一轮，你们等了多久？ +4 DD4Dr 2024-05-03 6/300 2024-05-05 14:31 by DD4Dr
[考博] 25年春秋博士申请 +3 梦想研究生 2024-05-04 4/200 2024-05-05 14:05 by 迪诺1
[硕博家园] 找工作千万不能来差学校 +9 YN完蛋 2024-05-02 9/450 2024-05-05 13:24 by 溪山游客
[有机交流] DMF怎么除水 +7 爱吃香菜的小黄� 2024-05-01 12/600 2024-05-05 10:53 by ppttjjboy
[论文投稿] 想问下电池发在nano letters含金量高不高 +6 未来富婆蛙 2024-04-30 11/550 2024-05-05 10:53 by eemdl
[考博] 2024还有没有补录的博士 +6 crazy peng 2024-04-30 7/350 2024-05-05 10:17 by 宋mlk
[教师之家] 博士毕业找工作选择！ +9 gsq嘿嘿 2024-04-30 12/600 2024-05-05 09:21 by Nano-Firefly
[教师之家] 领导好安排自己做杂事。在成果上给领导挂名，请其不要经常安排自己做杂事 +4 河西夜郎 2024-05-03 4/200 2024-05-05 09:01 by Quakerbird
[论文投稿] 审稿人评审完成状态还是under review 5+3 ZH0826 2024-04-30 10/500 2024-05-04 21:05 by topedit
[考博] 2024申博 化学 一作sci两篇 +8 zzzjjjttt 2024-04-29 8/400 2024-05-04 19:14 by lqmkl
[考博] 北京师范大学人工智能学院2024年第二批博士研究生招生报名 +4 taoto 2024-05-02 5/250 2024-05-04 15:46 by LYS1200
[硕博家园] 小硕盲审没过 +17 xmc2007 2024-04-28 17/850 2024-05-04 09:45 by dong5391
[考博] 食品专业寻博士导师 +3 里氏什么棱 2024-04-29 6/300 2024-05-04 08:00 by 努力搬砖中呀
[硕博家园] 去美国的华人导师底下读博后会很难出站吗？ +6 Aries-FZU 2024-05-03 6/300 2024-05-04 07:32 by 晓目崇
[基金申请] 五一假期评审申请书 +10 zju2000 2024-05-01 14/700 2024-05-03 13:46 by panda_fang
[论文投稿] 第一篇论文终于进去审稿状态了 +5 lizhengke06 2024-05-01 8/400 2024-05-03 09:14 by nono2009
[高分子] 高分子聚合物有机材料方向的合作/招聘科研助理 +3 wwwzg 2024-05-01 3/150 2024-05-02 21:38 by Dr. Zhang
[基金申请] 多大算大龄？ +4 wyjecho666 2024-05-01 5/250 2024-05-02 13:47 by AD_com
[教师之家] 一般发什么文章才能中青基啊 +7 保持肌肤 2024-04-29 7/350 2024-05-01 17:03 by zju2000
[基金申请] 第二次申请青基，祝自己好运! 中! 中! 中! +13 阿豪v5 2024-04-29 15/750 2024-05-01 14:44 by Howard28
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭