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爱亚的猩猩

新虫 (正式写手)

[求助] 如何用VESTA绘制离子概率密度图已有1人参与

如题，我用VASP的AIMD模拟了100ps的原子运动，想把其中一种原子的概率密度画出来，文献里【Adv. Energy Mater. 2019, 1902373】经常出现这种图，都说是用VESTA画的。我知道每一步的原子坐标都在XDATCAR里面，如何把他们转化成概率密度呢？并且用VESTA可视化出来？多谢指导，感激不尽！！

如何用VESTA绘制离子概率密度图
离子概率密度.png
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1楼2020-01-08 15:21:11
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
100 ps……
用pymatgen的diffusion模块可以实现这样的图
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爱亚的猩猩
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
2楼2020-01-08 16:12:42
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爱亚的猩猩

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-08 16:12:42
100 ps……
用pymatgen的diffusion模块可以实现这样的图

谢谢您的回复！我试一下学一学
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3楼2020-01-14 09:53:03
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爱亚的猩猩

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-08 16:12:42
100 ps……
用pymatgen的diffusion模块可以实现这样的图

你好，我看到网上介绍pymatgen的安装是先安装conda，再安装pymatgen，您看是是这样吧？另外，pymatgen的diffusion模块不需要再安装了吧？
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4楼2020-01-14 10:18:14
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iamikaruk

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
爱亚的猩猩: 金币+100, ★★★★★最佳答案 2020-01-16 09:40:00
引用回帖:
4楼: Originally posted by 爱亚的猩猩 at 2020-01-14 10:18:14
你好，我看到网上介绍pymatgen的安装是先安装conda，再安装pymatgen，您看是是这样吧？另外，pymatgen的diffusion模块不需要再安装了吧？...

对，先安装anaconda，然后用conda装pymagen。diffusion模块需要另外装，好像软件包的名字是pymatgen-diffusion。
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爱亚的猩猩
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
5楼2020-01-15 12:52:49
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爱亚的猩猩

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-15 12:52:49
对，先安装anaconda，然后用conda装pymagen。diffusion模块需要另外装，好像软件包的名字是pymatgen-diffusion。...

谢谢您的回复！再咨询您最后一个问题，使用这个软件的时候，我需要给它提供vasp的什么数据呢？比如XDATCAR？然后获得的结果用什么软件可视化呀？再次感谢
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6楼2020-01-16 09:43:16
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 爱亚的猩猩 at 2020-01-16 09:43:16
谢谢您的回复！再咨询您最后一个问题，使用这个软件的时候，我需要给它提供vasp的什么数据呢？比如XDATCAR？然后获得的结果用什么软件可视化呀？再次感谢...

需要vasprun.xml。得到的结果可以直接存成vasp的chgcar格式，然后用vesta打开画密度图
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爱亚的猩猩
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
7楼2020-01-16 13:22:33
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爱亚的猩猩

新虫 (正式写手)
送红花一朵
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7楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-16 13:22:33
需要vasprun.xml。得到的结果可以直接存成vasp的chgcar格式，然后用vesta打开画密度图...

明白啦明白啦 多谢多谢！！
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8楼2020-01-16 19:37:35
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爱亚的猩猩

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-15 12:52:49
对，先安装anaconda，然后用conda装pymagen。diffusion模块需要另外装，好像软件包的名字是pymatgen-diffusion。...

抱歉又打扰你了，我按照http://www.52souji.net/install-pymatgen-in-windows.html的步骤，安装了anaconda，在进行conda装pymagen的时候出了Solving environment: failed with initial frozen solve.的错误，以及出现PackagesNotFoundError的错误。我按照网上的方法更新了conda，还是无法安装pymatgen……想问下您有可能的解决办法吗？或者其他安装pymagen和diffusion模块的方法，谢谢你啦
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9楼2020-01-19 13:51:53
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小菜硕一枚

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 爱亚的猩猩 at 2020-01-19 13:51:53
抱歉又打扰你了，我按照http://www.52souji.net/install-pymatgen-in-windows.html的步骤，安装了anaconda，在进行conda装pymagen的时候出了Solving environment: failed with initial frozen solve.的错误，以及出 ...

你早就解决这个问题了吧

发自小木虫Android客户端
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10楼2023-04-21 01:10:59
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