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铜虫 (小有名气)

[交流] 医学信息检索!(第二部分)

第二节    相关概念
●信息——知识——情报——文献
●        信息:是现实世界事物的反映,它提供了客观世界事物的消息、知识。
●        知识:是信息的加工、整理、浓缩和升华。
●        情报: 激活了的、被利用的知识。  
●        文献:是知识和信息的载体。
●信息资源(可供人类开发利用的各类信息的集合。分为非文献信息资源和文献信息资源两大类)——文献信息资源——信息检索与利用的对象
        
● 文献信息资源:以文献为载体的信息资源。
   
●文献信息资源分类(文献的出版形式、载体形式、内容加工级次)
(一)        按文献的出版形式可分为
1.        图书
2.        期刊
3.        报纸
4.        特种文献:科技报告、会议文献、专利文献、学位论文、档案资料、产品资料等。
              (二) 按文献的载体形式分为  
          (1)  纸质型信息资源。包括书写、印刷型文献资源。
(2)        电子数字型信息资源。即计算机阅读型的信息资源,包括各种电子数据库、多媒体阅览资料、网络电子信息资源。
(3)        视听型信息资源。即以磁性材料为载体的信息资源,如录音带、录像带、计算机磁盘等。
               (4) 缩微型信息资源。即以感光材料为载体的信息资源,包括缩微胶卷、  缩微平片等。
(三)        按文献的内容加工级次分为
1.        一次文献:原始文献。主要包括专著、期刊论文、科技报告、会议文献、学位论文、技术标准、档案资料、专利说明书等。
2.        二次文献:对一次文献进行加工整序后衍生得到的文献。具体指各种目录、索引、文摘等检索工具。检索工具的主要功能是揭示和报道一次文献,提供查找一次文献的线索,帮助人们在较短的时间内获得大量的文献信息。
3.        三次文献:各学科专家在利用二次文献的基础上,选用大量一次文献的内容,并对其进行分析、综合、提炼、重组而形成的再生文献。这类文献主要包括综述、评论、进展、预测等。
4.        零次文献:未经发表或进入社会交流、未经系统加工整理的原始文献记录。如私人笔记、设计草图、实验记录、会议记录、发言稿、内部档案等。


信息检索:指根据特定课题需要,运用科学方法,采用专门的工具,从大量信息(文献)中获取所需信息(文献)的全过程。( 教材第8页)
信息检索主要包括三种类型:
1.        事实型信息检索
2.        数据型信息检索
3.        文献型信息检索
●文献型信息检索简称文献检索,通常以某些特定的文献为检索对象,其检索结果是切题文献或相关文献的文献线索或具体的文献。例如,查找国内外有关“PCR诊断病毒性肝炎”方面的研究文献。

文献检索是一种相关性检索,检索结果不能直接解答检索者提出的具体的技术问题,只能提供与之相关的文献线索或全文,供阅读和参考。

根据检出内容的详略,文献检索又可以分为书目检索和全文检索。
书目检索以检出文献线索和摘要为主,是当前文献检索的主要形式和手段;
全文检索以文献所含的全部信息作为检索内容,同时要求检出文献的全文,是计算机信息检索的发展方向。
完成文献检索主要借助于各种检索工具和文献型数据库。选择合适的检索方式和手段,通过合理的运用检索工具或电子数据库,达到有效获取文献信息的目的。
   
   第三节      信息检索技术手段
1.手工检索:人工查找文献信息的检索方式,检索过程主要是利用各种印刷型检索工具。
2.计算机检索:根据信息特定的需求,利用计算机从相关数据库中识别并提取所需要的信息过程。
3.网络信息检索:通过互联网上提供的网络信息查询工具,从网上获取和享用电子信息服务。


● 手工检索(手工检索工具的类型、主要手工检索工具介绍)
检索工具:检索工具的主要功能是揭示和报道一次文献,提供查找一次文献的线索,帮助人们在较短的时间内获得大量的文献信息。
●检索工具的一般结构:编辑说明部分、正文部分、辅助索引部分(主题词索引、关键词索引、著者索引、分子式索引、生物分类索引、专利号索引)、附录部分。

1.        目录式检索工具:统称目录
●按职能划分,有国家书目、出版社与书店的出版发行目录、专题文献目录、资料来源目录等;

●按收录文献类型划分,有图书目录、期刊目录、声像资料目录、数据库目录、电子出版物目录、标准目录、档案资料目录等;

●按文献收藏范围划分,有馆藏目录和联合目录。
其中馆藏目录揭示了一个图书馆的馆藏书刊及电子出版物等文献资源,主要包括馆藏图书目录和馆藏期刊目录。
联合目录目的是提供读者了解多个图书馆的文献收藏情况,通过图书馆所提供的馆际互借方式向其他图书馆索取文献信息资源。

2.        题录式检索工具:又称索引。题录由著录项目构成,一般包括文献题名、著者、刊名、发表年、卷、期、起止页码等。
系统地累积多篇论文题录的检索工具——题录式检索工具。
按出版形式分,题录式检索工具可分为期刊式、图书式、附录式三种。
例如,《中文科技资料目录》、《全国报刊索引》、美国《医学索引》都是国内外著名的题录式检索工具期刊;
《中国科技期刊中医药文献索引》是题录式检索工具书。

3.        文摘式检索工具:又称文摘。文摘是提供文献内容梗概,简明描述文献重要内容的短文。汇集大量文摘,配以相应的题录,按一定方法组织编排,系统积累、报道和揭示文献信息的工具——文摘式检索工具。是检索工具的核心。
例如:美国《化学文摘》,即CA;《生物学文摘》,即BA

●目录-题录-文摘式检索工具的比较
在揭示文献方面,题录比目录更具体深入;而文摘式检索工具揭示报道的文献不目录、题录式检索工具更详细,且方便阅读,节省时间,同时还可减少语言障碍(多数附有英文摘要),但它编辑出版的时间相对较长。(信息时差问题)

  著名手工检索工具书介绍:
●《BA》《Biological Abstracts》简称BA,是世界范围内生命科学文摘的重要检索期刊。它收录了来自世界各国尤其是欧美各国有关生物学、医学、农业方面的文献,摘用了100个国家和地区约6000种期刊。从BA中可查到实验医学研究,包括临床和理论方面的文献。
BA的检索特色体现在它独有的生物生物体索引、生物分类索引和属类索引上。
●生物体索引,可用来检索具体生物体文献(包括细胞株、病毒);
●生物分类索引,用来检索涉及到具体生物体,如病毒、细菌、寄生虫、实验动物、人类等的文献;
●生物属类索引按照文摘中涉及到的生物体的属种名称字顺排列,比查生物分类索引更直接。生物分类索引中,生物分类最多只列到“科”,未再列属种。例如,霍乱弧菌的临床研究就可以运用BA中的属类索引查找。

●《CA》《Chemical Abstract》简称CA,由美国化学学会化学文摘服务处(CAS)编辑。CA收录的医学文献侧重在人或动物疾病或外部因素导致体内发生的各种变化,如疾病过程中对各种成分的测定,药物对疾病的治疗机理及不良反应,放射性物质或有毒的化学物质对各种器官、组织的损伤及疾病的诊断和治疗方法。查药物,CA是必查的检索工具。

CA的检索特色体现在它的化学物质索引、专利索引、分子式索引等方面。
●化学物质索引——凡内容涉及专门化学物质的文献均可在该索引中查到。这些化学物质指:组成原子和原子数已知、价键清楚、立体化学结构明确的元素,化合物,抗菌素、酶、激素,多醣类及某些用字母、数字、商品名表示的物质等。

●专利索引的主要功能是:根据已知专利号,查找某件专利在CA上的摘要,并可查找它的等同专利和相关专利。在CA的80个大类中,与医药卫生有关的近30个大类。这些大类中都有专利文献的分布,但最集中的类目是5,9,16,17,62,63类。包括的内容有诊断、外科和人体鉴别用的仪器,如产科接种疫苗器械;眼科治疗仪,如白内障治疗仪;磁疗、放射治疗装置;假肢体的材料及其制造;病毒的制备、纯化;繁殖、维持或保藏微生物的方法;DNA、RNA、载体和质粒的分离、制备或纯化;酶或微生物的测定试验等。
●分子式索引——提供了一条直接从分子式查找到具体化学物质的途径。

●《SCI》即《科学引文索引》(Science Citation Index)是由美国科学情报所(ISI)编辑出版的一种国际性的多学科索引。SCI不仅是一种大型的文献检索工具,而且是引文分析的极为重要的工具之一。
SCI的应用价值:
●如果科研人员想知道其在我国核心期刊或国外刊物发表的文章是否被引用,如果被引用,那么是在什么文章中引用,该文章哪年写的,发表在什么期刊上;某单位科研部门想了解近10年中每年该单位公开发表的论文数量,或比较若干个同类医院、科研机构或院校1年或几年中公开发表的论文数量等,所有这些都可以在SCI上查找。

●在SCI的年度索引中有一个期刊引用(证)报告(Journal Citation Reports,JCR), 它详细报道了期刊引用与被引用的有关信息,如某期刊被引用的总次数、影响因子、当年指数、某期刊某年发表的论文总数等。根据这些数据,可以确定某种期刊在科学杂志群中以及在整个科学交流系统中的作用和地位,从而帮助科研人员选择投稿方向,有助于提高本学科的知名度。

●2000年度美国《期刊引用报告》(JCR)中中国4种医学类期刊榜上有名
2000年度JCR共报道我国期刊47种,其中医学领域期刊4种,分别为
《世界胃肠病学杂志》(英文版)——被因频次327;影响因子0.993;影响因子在47种中文刊中排名第2
《中国药理学报》(英文版)——被引频次854; ;影响因子0.485;影响因子在47种中文刊中排名排名第8
《生物医学与环境科学》——被引频次359; ;影响因子0.4;影响因子在47种中文刊中排名排名13
《中华医学杂志》(英文版)——被引频次752; ;影响因子0.107;影响因子在47种中文刊中排名排名43位


●核心期刊(Core Journal)的确定

不分国家级、省、地级;中华牌、中国牌,以国际通行的载文量(被收录进索引刊物)、引文分析、专家意见、综合筛选等综合确定。

国内权威专著:
《中文核心期刊要目总览》1991年第1版,2000年第3版;北京大学出版社
《被引频次最高的中国科技期刊500名排行表》(中国科学引文数据库××年度统计数据)
    依97、98、99年统计,进入前10名的中文科技期刊是:《科学通报》、《高等学校化学学报》、《分析化学》、《植物学报》、《中国科学B》、《植物生理学通讯》、《药学学报》、《中华医学杂志》、《物理学报》、《化学学报》。

国外权威专著:
美国《科学引文索引》(SCI)
世界著名周刊:The Lancet    (1823-) 英刊
                  New Engl J Med (1821-)英刊
                  Bri Med J  (1840-)英刊
                  JAMA      (1883-)美刊
                  Nature        (1869-)  美刊
                  Science       (1880-)  美刊

●实际上,各种印刷型检索工具如美国《医学索引》(Index Medcia,IM)、《生物学文摘》(Biological Abstracts,BA)、《化学文摘》(Chemical Abstracts,CA)、荷兰《医学文摘》(Excerpta Medica)、中国《中文科技资料目录:医药卫生》等都已经实现了计算机数据库检索。 (手检——机检)

●        计算机信息检索
★        检索对象(数据库)
计算机检索基本原理(字段——记录——数据库——医学数据库介绍)
★        用什么检索(检索语言)
文献外部特征(著者检索、题名检索等)
文献内部特征(主题词和关键词——专题文献检索)
★        如何实施计算机检索(检索策略的构建)
★        检索效果评价(查全率和查准率)
计算机信息检索是目前广大医学临床与科研工作者获取医学文献信息最常用的方法和手段,具有信息量大、操作技能容易掌握、方便快捷、花费低等特点。由于篇幅所限,本节主要介绍计算机信息检索的基本知识。

●数据库定义:计算机信息检索系统中的数据库是指一定专业范围内的信息记录及其索引的集合体,是计算机信息检索系统的重要组成部分,是信息资源,是检索对象。
  ●数据库的类型:
1.        书目数据库:存储的是二次文献,包括文献的外部特征、题录、文摘和主题词等,检索结果是所需文献的线索而非原文。许多书目数据库是印刷型文献检索工具(索引、文摘)的机读版本,如MEDLINE、CBMDISC等。
2.        全文数据库:存储的是原始资料的全文。全文检索可以直接获取原始资料,而不是书目检索时的线索,提高了用户的检索效率。DIALOG系统中有48种医药期刊全文数据库,我国开发了《中国学术期刊》全文数据库(CAJ)。
3.        数值数据库:主要包含的是数字数据,如各种统计数据、科学实验数据、测量数据等。检索结果可供直接参考。美国国立医学图书馆编制的化学物质毒性数据库RTECS(Registry of Toxic Effects of Chemical Substances),包含了10万多种化学物质的急、慢性毒理实验数据。
4.        事实数据库:存储的是用来描述人物、机构、事物等信息的情况、过程、现象的事实数据。如名人录、机构指南、大事记等。用户可通过人名、机构名、事物名称查到他们的介绍和相关信息。美国MEDLARS系统中的医生咨询数据库(PDQ数据库),能为医生提供有关癌症治疗和临床实验的相关病因、诊断标准、治疗方案以及最新研究进展等信息。

●        数据库的结构:一般由记录、字段、文档组成。着重讲记录、字段。
1.        记录:是构成数据库的一个完整的信息单元,每条记录描述了一原始信息的外部特征和内部特征。例如,书目数据库中的一条记录通常代表一篇文献,其他类型数据库中的记录可能是一种治疗方案、一组理化指数。
2.        字段:比记录更小的单位是字段,是组成记录的数据项目。例如,在MEDLINE中一条记录代表一篇书目文献,在这条记录中有题名、著者、来源、文摘、主题词等字段。
表1  数据库文件示意表
篇名        著者        来源        语种        文摘        …
医学文献光盘检索的重点和方法        王赴仪        中华医学图书馆杂志        中文        计算机光盘检索是一门…        …
Long-Term follow-up of Unilateral Pallidotomy in PD        John S.        N Engl J Med        English        Although the short-term benefits of posteroventral …        …
…        …        …        …        …        …

(在这样一个二维表格中,每一栏称为一个字段,多个字段构成的一条完整信息称为一条记录。)

每个字段有自己的名称和缩写,例如,
题名字段Title(TI)用表示;
著者字段Author(AU)用表示;
文摘字段Abstract(AB)用表示;
来源字段用Source(SO)表示。

●        医学数据库计算机信息检索的最基本原理就是通过所知道的字段信息查找完整的文献记录。当今世界权威的大型数据库,都具备了最大的信息容量,最强的检索功能,最友好的界面,最快的检索速度以及最理想的查全率和查准率等特点。

●        我国常见的若干生物医学及其相关数据库介绍
1.        英文数据库
(1)        MEDLINE数据库:世界公认的最具代表性和权威性的生物医学数据库,美国国立医学图书馆建立
(2)        荷兰《医学文摘》数据库(EM):按学科单独出版,药学及药理学内容较MEDLINE丰富。
(3)        《生物学文摘》数据库(BA):是生命科学主要的文摘和索引数据库,由美国生物科学信息服务中心(BIOSIS)编辑出版。
(4)        由美国化学学会(ACS)下属部门——美国化学文摘社(CAS)编辑出版。
       (5)《科学引文索引》数据库(SCI):由美国科学情报所(ISI)建立,其最大的特点是提供引文检索,用于查找文献被引用的情况,包括被引著者和被引文献。
2.        中文数据库
(1)        中国生物医学文献数据库(CBMDISC):是中国医学科学院医学信息研究所研制开发的综合性医学文献数据库
(2)        中文生物医学期刊数据库(CMCC):由解放军医学图书馆开发,与CBMDISC配套使用。
(3)        中国学术期刊数据库:是我国第一个连续出版的大规模集成化、多功能学术期刊全文型数据库,由清华大学主办,共有理工(A、B、C三辑)农、医、经济法律与政治、文史哲、教育与社科综合、电子技术与信息科学9个专辑。
(4)        万方数据库:包括《中国企业、公司及产品数据库》、《中国科学技术成果数据库》、《中国科技文献数据库》、《中国学术会议论文数据库》、《中国科技论文与引文数据库》、《中国科技信息机构数据库》等。
(5)        中国中医药文献数据库:是中国中医研究院中医药信息研究所研制,由中国中医药文献数据库和针灸针麻文献数据库两者合并而成。
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