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dalongmao木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】声子在siesta中的计算问题
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我使用siesta计算声子，MD.TypeOfRun=FC， 这是我采用的特征点 1 0.000 0.000 0.000 G 15 1.000 0.000 0.000 X 25 1.000 0.000 1.000 L 20 0.000 0.000 0.000 G 得到vectors文件在附件中，其中Eigenvector，Eigenmode (real part)和Eigenmode (imaginary part)分别代表什么意思？siesta中虚频指的是什么？怎么区分？我的结构稳定吗？如果出现虚频，怎样消除使其稳定？ 然后我使用vib2xsf使其可视化，得到了.XSF file 和.AXSF文件，但是其中有NaN，怎么消除NaN？ 下面是.XSF文件 # ---- XSF block for ---- iev = 6 freq = -171.135485 cm-1 ATOMS 0 0.0000000 0.0000000 0.0000000 NaN NaN NaN 0 8.2053923 0.0000002 9.9912885 NaN NaN NaN 0 8.2053922 8.2053927 9.9912887 NaN NaN NaN 1 8.2053925 2.0169873 2.7592412 0.0000000 0.0000000 0.0000000 1 4.1026965 6.1196834 7.7548862 0.0000000 0.0000000 0.0000000 5 5.9871737 4.1026963 3.4703564 0.0000000 0.0000000 0.0000000 下面是.AXSF文件 # --- AXSF block for ---- iev = 6 freq = -171.135485 cm-1 ANIMSTEPS 10 ATOMS 1 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 1 8.2053925 2.0169873 2.7592412 1 4.1026965 6.1196834 7.7548862 5 5.9871737 4.1026963 3.4703564 ATOMS 2 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 1 8.2053925 2.0169873 2.7592412 1 4.1026965 6.1196834 7.7548862 5 5.9871737 4.1026963 3.4703564 ATOMS 3 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 1 8.2053925 2.0169873 2.7592412 1 4.1026965 6.1196834 7.7548862 5 5.9871737 4.1026963 3.4703564 ATOMS 4 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 1 8.2053925 2.0169873 2.7592412 1 4.1026965 6.1196834 7.7548862 5 5.9871737 4.1026963 3.4703564 ATOMS 5 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 1 8.2053925 2.0169873 2.7592412 1 4.1026965 6.1196834 7.7548862 5 5.9871737 4.1026963 3.4703564 ATOMS 6 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 1 8.2053925 2.0169873 2.7592412 1 4.1026965 6.1196834 7.7548862 5 5.9871737 4.1026963 3.4703564 ATOMS 7 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 1 8.2053925 2.0169873 2.7592412 1 4.1026965 6.1196834 7.7548862 5 5.9871737 4.1026963 3.4703564 ATOMS 8 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 1 8.2053925 2.0169873 2.7592412 1 4.1026965 6.1196834 7.7548862 5 5.9871737 4.1026963 3.4703564 ATOMS 9 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 1 8.2053925 2.0169873 2.7592412 1 4.1026965 6.1196834 7.7548862 5 5.9871737 4.1026963 3.4703564 ATOMS 10 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN 1 8.2053925 2.0169873 2.7592412 1 4.1026965 6.1196834 7.7548862 5 5.9871737 4.1026963 3.4703564 还有我想做出声子态密度，怎样得到？请高手不惜赐教！ [ Last edited by dalongmao on 2009-6-16 at 15:17 ] |
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有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业
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4楼2009-06-27 09:23:04
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yjr(金币+1,VIP+0):多谢！！ 6-26 23:11
dalongmao(金币+2,VIP+0):3ks 6-27 09:16
yjr(金币+1,VIP+0):多谢！！ 6-26 23:11
dalongmao(金币+2,VIP+0):3ks 6-27 09:16
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Eigenvector: 在这里表示第几个模。随后是这个振动模式的频率值 。 Eigenmode (real part，imaginary part)：应该是表示本征向量的值，实虚我也不确定。 虚频一般说明结构不稳定（至少是在VASP和gaussian）。需要重新优化一下 NaN：一般在fortran中表示出错或者是数值无穷，不能正常输出。 另外：你的 vector文件是怎么得到？能否发个输入文件的例子？我刚刚学siesta，看到网上说需要一个vibra辅助，是不是呢？是的话能不能发给我一个，我也想做一下频率。谢谢！ |
2楼2009-06-26 21:30:16
hchfox
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5楼2009-06-27 13:18:09
