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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】声子在siesta中的计算问题
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dalongmao

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】声子在siesta中的计算问题

我使用siesta计算声子，MD.TypeOfRun=FC，
这是我采用的特征点
1  0.000  0.000  0.000  G                                                
15  1.000  0.000  0.000       X                                                
25  1.000  0.000  1.000       L                                                
20  0.000  0.000  0.000       G      
得到vectors文件在附件中，其中Eigenvector，Eigenmode (real part)和Eigenmode (imaginary part)分别代表什么意思？siesta中虚频指的是什么？怎么区分？我的结构稳定吗？如果出现虚频，怎样消除使其稳定？
然后我使用vib2xsf使其可视化，得到了.XSF file 和.AXSF文件，但是其中有NaN，怎么消除NaN？
下面是.XSF文件
# ---- XSF block for ---- iev =     6  freq =    -171.135485 cm-1
ATOMS
   0   0.0000000   0.0000000   0.0000000   NaN         NaN         NaN        
   0   8.2053923   0.0000002   9.9912885   NaN         NaN         NaN        
   0   8.2053922   8.2053927   9.9912887   NaN         NaN         NaN        
   1   8.2053925   2.0169873   2.7592412     0.0000000   0.0000000   0.0000000
   1   4.1026965   6.1196834   7.7548862     0.0000000   0.0000000   0.0000000
   5   5.9871737   4.1026963   3.4703564     0.0000000   0.0000000   0.0000000
下面是.AXSF文件
# --- AXSF block for ---- iev =     6  freq =    -171.135485 cm-1
ANIMSTEPS   10
ATOMS    1
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   1   8.2053925   2.0169873   2.7592412
   1   4.1026965   6.1196834   7.7548862
   5   5.9871737   4.1026963   3.4703564
ATOMS    2
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   1   8.2053925   2.0169873   2.7592412
   1   4.1026965   6.1196834   7.7548862
   5   5.9871737   4.1026963   3.4703564
ATOMS    3
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   1   8.2053925   2.0169873   2.7592412
   1   4.1026965   6.1196834   7.7548862
   5   5.9871737   4.1026963   3.4703564
ATOMS    4
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   1   8.2053925   2.0169873   2.7592412
   1   4.1026965   6.1196834   7.7548862
   5   5.9871737   4.1026963   3.4703564
ATOMS    5
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   1   8.2053925   2.0169873   2.7592412
   1   4.1026965   6.1196834   7.7548862
   5   5.9871737   4.1026963   3.4703564
ATOMS    6
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   1   8.2053925   2.0169873   2.7592412
   1   4.1026965   6.1196834   7.7548862
   5   5.9871737   4.1026963   3.4703564
ATOMS    7
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   1   8.2053925   2.0169873   2.7592412
   1   4.1026965   6.1196834   7.7548862
   5   5.9871737   4.1026963   3.4703564
ATOMS    8
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   1   8.2053925   2.0169873   2.7592412
   1   4.1026965   6.1196834   7.7548862
   5   5.9871737   4.1026963   3.4703564
ATOMS    9
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   1   8.2053925   2.0169873   2.7592412
   1   4.1026965   6.1196834   7.7548862
   5   5.9871737   4.1026963   3.4703564
ATOMS   10
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   0 NaN         NaN         NaN        
   1   8.2053925   2.0169873   2.7592412
   1   4.1026965   6.1196834   7.7548862
   5   5.9871737   4.1026963   3.4703564
还有我想做出声子态密度，怎样得到？请高手不惜赐教！

[ Last edited by dalongmao on 2009-6-16 at 15:17 ]
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1楼2009-06-15 10:37:57
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dummy1

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
yjr(金币+1,VIP+0):多谢！！ 6-26 23:11
dalongmao(金币+2,VIP+0):3ks 6-27 09:16
Eigenvector: 在这里表示第几个模。随后是这个振动模式的频率值 。
Eigenmode (real part，imaginary part)：应该是表示本征向量的值，实虚我也不确定。
虚频一般说明结构不稳定（至少是在VASP和gaussian）。需要重新优化一下
NaN：一般在fortran中表示出错或者是数值无穷，不能正常输出。

另外：你的  vector文件是怎么得到？能否发个输入文件的例子？我刚刚学siesta，看到网上说需要一个vibra辅助，是不是呢？是的话能不能发给我一个，我也想做一下频率。谢谢！
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2楼2009-06-26 21:30:16
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hchfox

木虫 (正式写手)
★
dalongmao(金币+1,VIP+0):3ks 6-27 09:16
建议你别用SIESTA算声子，换其他的吧。。。
引用回帖:
Originally posted by dalongmao at 2009-6-15 10:37:
我使用siesta计算声子，MD.TypeOfRun=FC，
这是我采用的特征点
1  0.000  0.000  0.000  G                                                
15  1.000  0.000  0.000       X                               ...

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3楼2009-06-26 23:31:11
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dummy1

木虫 (正式写手)
如果体系比较大的话你觉得什么程序可行呢？
谢谢！
引用回帖:
Originally posted by hchfox at 2009-6-26 23:31:
建议你别用SIESTA算声子，换其他的吧。。。
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4楼2009-06-27 09:23:04
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hchfox

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
zeoliters(金币+3,VIP+0):感谢回贴交流 6-27 13:28
dalongmao(金币+1,VIP+0):3ks 6-29 10:50
体系有多大？
pwscf，abinit实现了DFPT；VASP可采用冻结声子（直接方法）考虑（好像vasp5.2也实现DFPT了吧，不清楚）。。。
我用直接方法，超胞原子数都达到了240个原子，得到的结果还是很好（当然我的体系电子数是比较少的）。
不管怎样，声子计算是很耗时的，有时特别是体系大了，虚频可能很难消除。。。
引用回帖:
Originally posted by dummy1 at 2009-6-27 09:23:
如果体系比较大的话你觉得什么程序可行呢？
谢谢！
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5楼2009-06-27 13:18:09
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dummy1

木虫 (正式写手)
你是用多少个CPU算的，我实在是有点忍受不了了，慢的要是。
引用回帖:
Originally posted by hchfox at 2009-6-27 13:18:
体系有多大？
pwscf，abinit实现了DFPT；VASP可采用冻结声子（直接方法）考虑（好像vasp5.2也实现DFPT了吧，不清楚）。。。
我用直接方法，超胞原子数都达到了240个原子，得到的结果还是很好（当然我的体系电子 ...

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6楼2009-06-27 17:01:46
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hchfox

木虫 (正式写手)
16个CPU。。。
引用回帖:
Originally posted by dummy1 at 2009-6-27 17:01:
你是用多少个CPU算的，我实在是有点忍受不了了，慢的要是。
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7楼2009-06-27 17:28:21
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
dalongmao(金币+2,VIP+0):3ks,在哪里可以看见hchfox的意见? 6-30 09:58
嘿嘿,也看到有人用siesta算声子了.
我用siesta算过虚频怎么也消除不了,改用pw计算就不存在.
用siesta算声子需要很好的基组,用一般的DZP不太好,只能算算孤立体系G点.
还是看hchfox的意见比较有实际意义.
赞一下(3人) 回复此楼
8楼2009-06-30 09:55:10
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