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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请教做膜模拟的朋友，有几个小问题
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎交流 6-18 21:39
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Originally posted by bay__gulf at 2009-6-13 19:24:
研究囊泡需要更多更多的原子数，应该超过百万吧。
请量力而行。
下面是 Science 321, 798 (2008) 文献。

专家，再问您个事哈，我最近做cationic+anionic surfactant自发形成囊泡都快做疯了，我跟我们老师说这个目前不能实现，我也几乎没有找到正经的文献做这个的。请问下您这个能做吗？反正AA肯定是不行了，就是CG的，我也只是找了几个人做的尝试性的啊。。。
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11楼2009-06-13 19:29:57
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎交流 6-18 21:39
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-6-13 19:26:
不过很遗憾封面的文章我没有找到。

这个看样子是他先把囊泡和双层建立好了，然后看他们的相互作用的。。。
现在有快速模拟形成囊泡的方法，可惜我不会，是2008年marrink做的。。。但是我还是认为以目前的科研条件做阳离子+阴离子表面活性剂复配形成囊泡是不现实的，不知道您怎么看？
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12楼2009-06-13 19:33:59
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 6-14 09:45
用dpd 应该可以呀。
我在单机上用MS 的DPD 模块做一个表面活性剂自发形成胶束/双层膜/反胶束过程一个只要10+min。
仅作参考。

附件是我的一个课程论文。
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13楼2009-06-13 19:35:47
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎交流 6-18 21:39
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-6-13 19:35:
用dpd 应该可以呀。
我在单机上用MS 的DPD 模块做一个表面活性剂自发形成胶束/双层膜/反胶束过程一个只要10+min。
仅作参考。

附件是我的一个课程论文。

我看过你这个东西的，DPD我很熟悉了，胶束，双层，还有别的什么形状我都做出来过，大胶束也有，但。。。就是差囊泡。。。
Yamamoto2002年在JCP上发的文章就是重复不出来。。。（但是他那样模拟有点胡说八道的感觉）。。。
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14楼2009-06-13 19:39:05
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 6-14 09:45
感觉做cgmd 和dpd 的关键是相互作用的形式太少，不能准确说明问题。
而我们模拟就是为了预测，如果仅仅为了得到好的数据，而不顾实际才是得不偿失。

我大概就知道这么多了，对于胶束这些也没有做过。
现在只是做一些全原子-膜蛋白的工作。
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15楼2009-06-13 19:45:27
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-6-13 19:45:
感觉做cgmd 和dpd 的关键是相互作用的形式太少，不能准确说明问题。
而我们模拟就是为了预测，如果仅仅为了得到好的数据，而不顾实际才是得不偿失。

我大概就知道这么多了，对于胶束这些也没有做过。
现在只 ...

还是要谢谢专家。。
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16楼2009-06-13 19:49:07
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

taolun

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
大家都是做这方面的专家，来学习一下
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似水年华
17楼2009-06-18 16:47:07
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