应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请教做膜模拟的朋友，有几个小问题
91/1返回列表
查看: 688  |  回复: 16
查看全部回帖@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】请教做膜模拟的朋友，有几个小问题

最近想做一个离子对于双层膜形貌影响的，但是有几个问题一直都还不是很 明白，

1.双层膜我已经建好，膜上下的水层也已经加上。然后就是加盒子了吗？那盒子的大小怎么选呢？因为加了盒子以后我就不需要加水了，所以我觉的盒子大小挺关键的，要是选不对的话2个盒子之间的膜靠的太远，周期性边界条件就没有意义了。

2.如果所要研究的分子本来就是离子型的，比如说SDS（12烷基硫酸钠），是不是先把十二烷基硫酸根离子作为一个分子建模，然后加了再用Na+替换水呢？因为实验上用的SDS是有Na+包含的（这个我不是很清楚，应该不会只是硫酸根吧？）那么这样研究离子对于膜的影响是不是有意义呢？还需不需要加别的盐呢？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:18 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
1楼2009-06-13 14:03:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-6-13 17:34:
1 盒子的大小应该略大于体系的尺寸，然后用NpT系综，使达到合适的体积。一般的做法是限制膜平面2个方向的比例，垂直于膜的方向自由变化。

靠的太远PBC没有意义了，太近了又会引起模拟体系的不稳定。
最好大于 ...

多谢专家解答了，还有几点不清楚的啊：
1.限制膜平面2个方向的比例，这个怎么做到呢？只能用NPT系综模拟吗？可不可以先优化cell，然后再用NVT模拟呢？
2.如果只是加Na+，也就是中和SDS的负离子，这样算不算研究离子对于膜的影响呢？文献上是这么模拟的。
3.我主要是想研究离子对于膜整体形貌的破坏，不知道这个要模拟多少个ns?

谢谢专家！
赞一下 回复此楼
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
3楼2009-06-13 18:37:02
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-6-13 18:51:
1.限制膜平面2个方向的比例，这个怎么做到呢？
不同的软件有不同的方法，比如在NAMD中可以用 useConstantRatio 设定。
可以参考
Christian Kandt, Walter L. Ash, D. Peter Tieleman
Setting up and running  ...

专家就是了不起！谢谢专家！
赞一下 回复此楼
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
5楼2009-06-13 18:59:41
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-6-13 19:01:
共同学习吧。
gmx 我不太熟悉，那个限制边比例的设置我也不知道。

呵呵，我也不熟悉，专家。
不过GMX里BOX设置有非常多的选项，不知道有没有这个，晚上回去看下！
我其实是想研究下离子对于囊泡形貌破坏的，也就是vesicle-micelle转变这个，但是直接研究囊泡是不大可能的。。。依照我们学校的实力，做个样就要到年底了。。。所以我想以膜来代替，我想的是如果离子能把膜破坏了，那囊泡估计也就破坏了吧。。。不知道这样想对不对，专家。。。
赞一下 回复此楼
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
7楼2009-06-13 19:17:47
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎交流 6-18 21:39
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-6-13 19:24:
研究囊泡需要更多更多的原子数，应该超过百万吧。
请量力而行。
下面是 Science 321, 798 (2008) 文献。

专家，再问您个事哈，我最近做cationic+anionic surfactant自发形成囊泡都快做疯了，我跟我们老师说这个目前不能实现，我也几乎没有找到正经的文献做这个的。请问下您这个能做吗？反正AA肯定是不行了，就是CG的，我也只是找了几个人做的尝试性的啊。。。
赞一下(10人) 回复此楼
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
11楼2009-06-13 19:29:57
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎交流 6-18 21:39
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-6-13 19:26:
不过很遗憾封面的文章我没有找到。

这个看样子是他先把囊泡和双层建立好了，然后看他们的相互作用的。。。
现在有快速模拟形成囊泡的方法，可惜我不会，是2008年marrink做的。。。但是我还是认为以目前的科研条件做阳离子+阴离子表面活性剂复配形成囊泡是不现实的，不知道您怎么看？
赞一下(10人) 回复此楼
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
12楼2009-06-13 19:33:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎交流 6-18 21:39
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-6-13 19:35:
用dpd 应该可以呀。
我在单机上用MS 的DPD 模块做一个表面活性剂自发形成胶束/双层膜/反胶束过程一个只要10+min。
仅作参考。

附件是我的一个课程论文。

我看过你这个东西的，DPD我很熟悉了，胶束，双层，还有别的什么形状我都做出来过，大胶束也有，但。。。就是差囊泡。。。
Yamamoto2002年在JCP上发的文章就是重复不出来。。。（但是他那样模拟有点胡说八道的感觉）。。。
赞一下(10人) 回复此楼
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
14楼2009-06-13 19:39:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-6-13 19:45:
感觉做cgmd 和dpd 的关键是相互作用的形式太少，不能准确说明问题。
而我们模拟就是为了预测，如果仅仅为了得到好的数据，而不顾实际才是得不偿失。

我大概就知道这么多了，对于胶束这些也没有做过。
现在只 ...

还是要谢谢专家。。
回复此楼
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
16楼2009-06-13 19:49:07
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qzhaosdu 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭