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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 系统发育树的构建方法
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duzhibing

木虫 (小有名气)

[交流] 系统发育树的构建方法

我的实验课题是环境微生物多样性分析，需要构建16S克隆文库，并进行系统发育分析，建树时，我想要把属于同一个门的细菌序列放到进化树相邻的位置，然后进行统一的标注，请高手指教，需要用哪种方法建树？我的建树软件是MEGA4.0。谢谢啊！
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1楼 2009-06-12 16:54:03
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yuanbo934

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
duzhibing(金币+1,VIP+0):谢谢啊 10-20 09:02
duzhibing(金币+4,VIP+0): 10-20 09:02
将序列转变成Fasta 格式后在clustalx 1.8中比对后，在用MEGA4，用NJ法校正参数用Kimer-2 扩展值为1000。
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11楼2009-10-18 11:25:38
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zhyyk10

金虫 (小有名气)
现在用的比较多的是nj法，这种方法相对来说准确些
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相信自己！
2楼2009-06-12 17:32:12
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huhy

银虫 (小有名气)
可以用PAUP4以上的版本，NJ树就ok
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4楼2009-06-13 06:39:42
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amms_8

新虫 (小有名气)
首先应该比较其序列相似性，一般情况下用NJ即可
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5楼2009-06-13 07:19:29
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