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duzhibing

木虫 (小有名气)

[交流] 系统发育树的构建方法

我的实验课题是环境微生物多样性分析,需要构建16S克隆文库,并进行系统发育分析,建树时,我想要把属于同一个门的细菌序列放到进化树相邻的位置,然后进行统一的标注,请高手指教,需要用哪种方法建树?我的建树软件是MEGA4.0。谢谢啊!
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zhyyk10

金虫 (小有名气)

现在用的比较多的是nj法,这种方法相对来说准确些
相信自己!
2楼2009-06-12 17:32:12
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lifeip

至尊木虫 (知名作家)

一般用NJ法。
3楼2009-06-13 00:38:02
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huhy

银虫 (小有名气)

可以用PAUP4以上的版本,NJ树就ok
4楼2009-06-13 06:39:42
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amms_8

新虫 (小有名气)

首先应该比较其序列相似性,一般情况下用NJ即可
5楼2009-06-13 07:19:29
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duzhibing

木虫 (小有名气)

可是用NJ法建的树,属于相同的门的序列都不在一块,不同门的序列在树上相互交叉,无法归类标注啊,这几种建树方法有什么区别啊
6楼2009-06-13 09:47:20
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蓝叶

铁虫 (正式写手)

好像大学毕业论文是做这个课题,现在忘记了
暂时没有
7楼2009-06-13 11:21:20
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欣晴5832

金虫 (小有名气)

NJ树吧,这个用的比较多
8楼2009-06-13 19:50:41
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ym3612003

铁杆木虫 (著名写手)

修己 慎独 思勤

建议你查看我实验室编著的《放线菌系统学-原理、方法及实践》
科学出版社,里面讲的很详细,可用解决你问题
最想要去的地方,怎能在半路就返航!!!
9楼2009-06-17 11:54:36
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fungi1205

金虫 (正式写手)

建议采用PAUP4以上的版本,NJ树构建系统发育树~
比较牛的杂志其实现在都不用MEGA和PHLIP了~都采用PAUP4以上的版本~
如果结果不是很理想,再综合比对吧……
加油,发挥人生最大的热量温暖身边的人
10楼2009-10-18 00:49:31
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