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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 系统发育树的构建方法
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duzhibing

木虫 (小有名气)

[交流] 系统发育树的构建方法

我的实验课题是环境微生物多样性分析，需要构建16S克隆文库，并进行系统发育分析，建树时，我想要把属于同一个门的细菌序列放到进化树相邻的位置，然后进行统一的标注，请高手指教，需要用哪种方法建树？我的建树软件是MEGA4.0。谢谢啊！
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1楼 2009-06-12 16:54:03
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zhyyk10

金虫 (小有名气)
现在用的比较多的是nj法，这种方法相对来说准确些
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相信自己！
2楼2009-06-12 17:32:12
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lifeip

至尊木虫 (知名作家)
一般用NJ法。
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3楼2009-06-13 00:38:02
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huhy

银虫 (小有名气)
可以用PAUP4以上的版本，NJ树就ok
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4楼2009-06-13 06:39:42
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amms_8

新虫 (小有名气)
首先应该比较其序列相似性，一般情况下用NJ即可
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5楼2009-06-13 07:19:29
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duzhibing

木虫 (小有名气)
可是用NJ法建的树，属于相同的门的序列都不在一块，不同门的序列在树上相互交叉，无法归类标注啊，这几种建树方法有什么区别啊
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6楼2009-06-13 09:47:20
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蓝叶

铁虫 (正式写手)
好像大学毕业论文是做这个课题，现在忘记了
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暂时没有
7楼2009-06-13 11:21:20
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
NJ树吧，这个用的比较多
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8楼2009-06-13 19:50:41
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ym3612003

铁杆木虫 (著名写手)

修己 慎独 思勤
建议你查看我实验室编著的《放线菌系统学-原理、方法及实践》
科学出版社，里面讲的很详细，可用解决你问题
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最想要去的地方，怎能在半路就返航！！！
9楼2009-06-17 11:54:36
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fungi1205

金虫 (正式写手)
建议采用PAUP4以上的版本，NJ树构建系统发育树~
比较牛的杂志其实现在都不用MEGA和PHLIP了~都采用PAUP4以上的版本~
如果结果不是很理想，再综合比对吧……
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加油，发挥人生最大的热量温暖身边的人
10楼2009-10-18 00:49:31
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