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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 【讨论】QM/MM模拟
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xiaosy567

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】QM/MM模拟

请问大家做QM/MM模拟的时候，都采用什么方法？
是用Gaussian还是CPMD，还是其它？
ＭＭ又是采用什么软件？

我是CPMDer，请问，如果采用CPMD自带QM/MM interface的话，怎么样才能调用gromacs做QMMM计算？
如果有这方面经验，请不吝赐教。。谢谢。。。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:04 ]
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1楼 2009-06-12 11:37:26
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zeoliters

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢！ 6-13 06:25
这是一个很好的想法。Gaussian里面有一个ONIOM可以做QM/MM的，但是计算结果表明QM部分对cluster的大小十分敏感，所以选的时候得非常小心，要不然连定性都是错的。

没有用过CPMD做QM/MM,期待高手。。。
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2楼2009-06-12 18:57:47
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428616

★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 7-11 23:29
使用amber
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3楼2009-07-08 22:20:20
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xiaosy567

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 428616 at 2009-7-8 22:20:
使用amber

请问Amber是不是经过改写了？
另外请问你是否做过啊？
我们讨论下可否？
QQ：54103592
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4楼2009-07-09 15:16:39
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Joannaouc

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:24
自己没做过，我们实验室的是用amber作MM，gaussian做QM
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5楼2009-12-11 19:39:59
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:24
CPMD-GROMACS QM/MM
http://www.tougaloo.edu/research/qmmm/
google搜索“cpmd gromacs”第一个结果

CPMD自带GROMOS接口，不能直接与gromacs做QM/MM。上面网站提供修改了的gromacs与cpmd3.11.1做QM/MM。
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6楼2009-12-12 08:46:58
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xiaosy567

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by recoli at 2009-12-12 08:46:
CPMD-GROMACS QM/MM
http://www.tougaloo.edu/research/qmmm/
google搜索“cpmd gromacs”第一个结果

CPMD自带GROMOS接口，不能直接与gromacs做QM/MM。上面网站提供修改了的gromacs与cpmd3.11.1做 ...

是的。我试过这个程序。

但是他是gromacs drivened
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7楼2009-12-12 21:49:26
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